mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTCAGGTTCGGGTTCGGGTT CCCGAACCCGAACCTGAACCC GAAGCGCGACGCCGAGTTCCGTCTCGAGCGTCTCCGCACCGCTCGAGGTTTAGAACCGAAGCTTCCCCCTACCGAACCCGAACCCGAACCTGAACCCAAACTCGAGCCCGAGCCTTCTTCCGACGCTGGCCACATCAACCCCATCTCAGACTCTAAACTACAATAAACTTCAGATATTGTATGGTAATGATGGGGAAACTCTTGAAGCAAAACAGAAAAAGAAAACCCAGAATATTATGTTCATCTGGAGACCCTCCTCCTACTGCCAAAAACATCTCTGTGACTCTGCATCTTCTCGTGTCTCAAAGCCCTCTCCCGGTCCTTCTCTCTTCTTTCCCTYTTCATTCTCTCTTCCCTCAATTCCTCCATCGTCTTCCTCTTCTTCTCACCCTTATTCTCTCTCCTATCGCCGTCACCACTTTCATCCTTCACAACATCATCATCATTAGGTTTCCGAAGATACCACGGCAACTTAACCCCCTTTCCTGCAAGCCCGTAACCAAGCCTATACTTCTCATCCTCCGGGCCCACAACAACGGCGGGCTTGGGCCCTCCCTCCTCCCTTTTCTTCTTCTTGGCAGGGGGACCCTCTTTCTGAGGCCCCTGAATTGGGTCAAAAATCTTGATCCCTTCGAAGAGGTTGATGTGGCCAGCGTCGGAAGAAGGCTCGGGCTCGAGTTTGGGTTCAGGTTCGGGTTCGGGTTCGGTAGGGGGAAGCTTCGGTTCTAAACCTCGAGCGGTGCGGAGACGCTCGAGACGGAACTCGGCGTCGCGCTT GGAAGCGCGACGCCGAGTTCCGTCTCGAGCGTCTCCGCACCGCTCGAGGTTTAGAACCGAAGCTTCCCCCTACCGAACCCGAACCCGAACCTGAACCCAAACTCGAGCCCGAGCCTTCTTCCGACGCTGGCCACATCAACCCCATCTCAGACTCTAAACTACAATAAACTTCAGATATTGTATGGTAATGATGGGGAAACTCTTGAAGCAAAACAGAAAAAGAAAACCCAGAATATTATGTTCATCTGGAGACCCTCCTCCTACTGCCAAAAACATCTCTGTGACTCTGCATCTTCTCGTGTCTCAAAGCCCTCTCCCGGTCCTTCTCTCTTCTTTCCCTYTTCATTCTCTCTTCCCTCAATTCCTCCATCGTCTTCCTCTTCTTCTCACCCTTATTCTCTCTCCTATCGCCGTCACCACTTTCATCCTTCACAACATCATCATCATTAGGTTTCCGAAGATACCACGGCAACTTAACCCCCTTTCCTGCAAGCCCGTAACCAAGCCTATACTTCTCATCCTCCGGGCCCACAACAACGGCGGGCTTGGGCCCTCCCTCCTCCCTTTTCTTCTTCTTGGCAGGGGGACCCTCTTTCTGAGGCCCCTGAATTGGGTCAAAAATCTTGATCCCTTCGAAGAGGTTGATGTGGCCAGCGTCGGAAGAAGGCTCGGGCTCGAGTTTGGGTTCAGGTTCGGGTTCGGGTTCGGTAGGGGGAAGCTTCGGTTCTAAACCTCGAGCGGTGCGGAGACGCTCGAGACGGAACTCGGCGTCGCGCTTCCGAGCCTGGTCGCGCTTGAGCTGTTCCTCCCTGGCGGCTTGTTCCTCGTCGCGACGAACCTTCTCTCTGTTCTCGTAATTGTAAACGTTCCAACGCTTCTGAGGGAGAATATTTAGACCTCCGTGACCTCCCATTTTCGATTGCCCTGCCAAAGAGAATGAAATTTGAACTTTTCTGAAAGAAATTTGGGATTTTC 0 0 3' arm Phaseolus_acutifolius mirnest 100 100 -357.139 .((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((......(((((((.........))))))).)))...)))))))...(((((...((.....((((.(((((((...((((....((((((((..(((((.......................)))))))))....)))).)))).(((....((((........((((........................................................................................))))......)))).......)))..((.........(((((((.(((.........))).)))))))..........)).((((((((......((((................))))...........))))))))(((...........)))))))))).))))..)).(((((..((((.....)))))))))(((..(((((((.....))))))).))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))) (-357.139)