mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTCCAAGAAT TTTAGGACGGAGGGAGTAGTT CACAATGTTTTCTACTCCCTCCGTCCAAGAATAGATGTCTTAGGTTTTTCAAATTTTGGATGAATCTATATACTAAATAGTGTCTAGATTCATCCAAATTTTAACAAATTTGAGACATCTATTTTAGGACGGAGGGAGTAGTTTATTTGTT ACACCCAAAGTGCCTATCCATGCTTTAGTGCCAGTGCTAACAAATAAGCAGCGTGTTACAATAAACACACAATGTTTTCTACTCCCTCCGTCCAAGAATAGATGTCTTAGGTTTTTCAAATTTTGGATGAATCTATATACTAAATAGTGTCTAGATTCATCCAAATTTTAACAAATTTGAGACATCTATTTTAGGACGGAGGGAGTAGTTTATTTGTTGCCAGAATCCAAGCAAATAATCTTGCCCATCATATCTATAGCACGAACCCACAACCCACACCATAATACTGTTGCTACTATATCCCATAAGTACTAGTACTTGATGTCCGACATGGATATTACAGGAGAGGAATCGTTTCTTATGCCTCGTAATAGGCAAAGAAGTCCCAGACCCATCTAAGAAGCAGTAAGAATTTCACCGTGTGGCATGATGGCGATCTTTGCTGGTTCTGCTGATGTTTCCACTTGTTGTGCCCTTTTACCGGAGCCACAGTATTCGTCTAGCTCTCTCTTTGCAAAGGTTGGAAGAACAAATGCTGCCCTATGCATCTCTGTATTATAAAATCTGATATCCCTCCCAGCTTTCATAGCGCCTTCTAGTTTTTCAATTGGATTTATGGGTGTCAGGAAGTTGACTGGTGGACCCTCTTTGGCACATAGCAAAAACCCAATTGCGCCACTAGGATATGTTGGGACACTTGTCCATGCATAGTGGACAGAACCCTTGAAAGTCTCACGGCAGATCGAGAGCATGTCCTGAATGAGATGTGTAT 1 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 6e-16 100 -74.8 .((((......(((((((((((((((.((((((((((((((((((((...(((.((((((((((((((.(((((....))))).)))))))))))))).)))...)))))))))))))))))))).))))))))))))))).....)))). (-74.8)