mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATAATGTTATTTTAATGTCT ATATTAGAATACATGAAAAA AAAATAATAGAGATATTAGAATACATGAAAAAATATTAATAATGTTATTTTAATGTCTTTGCACAGT CCGAAATTGAGCAAGTAATTTATTACACTCATAACATTGTACATATAATCCAGCTATACAATTCTTGCACTAAATTATTTTACCATAAAAAATAAACATCTTTGGTTCACTGAACAAATCAACAACATCAATTTACAATTTTTTTTATAACATCTATCAATACTAAGATGTTGCGTTAGCAGACACATTCACATGTTGTATACAAATAGTTAAACATCAAAGGTACACAAATCACTAATTTGAGCATAACTACTCTTGAGGCTTTAATAAAATAATAGAGATATTAGAATACATGAAAAAATATTAATAATGTTATTTTAATGTCTTTGCACAGTCTGTCTACTTTGGATAGTGGTAAGGTGTACAGGTAATGGAATGAGGCGTTGTGTGTGACTCAGACCAAATACATATGAACTTGTATCACGTCCAAATTCAGCAACAAAATTGTCTGTAATTTTTTAGGGGGTGTGTTTTCCCCTATTAGATCCACAGAACATTTGATTACTTGGTCTATGGTTTGCCTGTTCTGACTGAAGAATTAATTCTTTTTAGATATTGTTTTTGTTGCAAATTTGATATAACTAATATTTAGTAATCTGCAACTATTACAACAATGAAACGTTGATTTGTTTTTTTTTAATGTGTTGGATTGTTGATCTT 4 1 3' arm Bicyclus_anynana mirnest 100 100 -13.2 .......(((((((((((((((((((...............))).))))))))))))))))...... (-13.2)