mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCACGGCTTTCTTGAGCTTC AGTTCAAGAAAGCCGTGGAA CCTTTAATATTCTTCCCACGGCTTTCTTGAGCTTCGTATGCGGATCTGTTAGCGGTGCGATCTGTCGCCAACACTCCCGATCGGGAAGTTCAAGAAAGCCGTGGAAAAATATGAGAG TTTTTTTTTTTTTTTTTTCACATAAAACTTTAACAGCACATTCAATCAAAGCAGCCAATAATCGAAGATATTTAAAACTACAGATTACGTAAAGATACCTTGTCCGAGTGCCTGGAATAGGGTTATATTACGTATCTGGAAACTGAAGTACCAAGTCGGATCACAGCAGAAGCAATAAAATTGAATCCCTTTAATATTCTTCCCACGGCTTTCTTGAGCTTCGTATGCGGATCTGTTAGCGGTGCGATCTGTCGCCAACACTCCCGATCGGGAAGTTCAAGAAAGCCGTGGAAAAATATGAGAGCATTCTCCGGCTTAGCGTACTGATAAATAAATATTCTTCCCTAATTCTTGATCGCTCTAATGGCCCAAAGCTTCCCCAATTCTTCAACTGTACCCGAAAGGAATCGTCTCTCTTTCCTTATGCAGAAGGAGGGCCGTCCATCGAATATCTTTAACTTCTATGGTCCTTATACTCTCTCCTGCTGTGTTATCGCCATTATTATCACCACAGAAGACTCATAACAACGAAATTTTCGCAAGCAATTATTGCACAAGAACGCCCATTACAGATGATGAAATCCATGCAGTCATCCGATCCGACACCTTCTTCCCGGAAAACTGCACAAGAACCAGACGATGGCCATCAGGATTATGGTGAACTTGGACGGGGTTCTGAGCAGCTCACGAGATTGGTCGTGCTCAGCTGGACCCAACATTGGATGCAACCAGGTTAACTCATACGAAAAGTGAAAGTCCCGTCGCTATTAAACCTAATAATATTTAAAACCCATGTGCTCGAACTTGTGGTGTCCTCATAAGATATATTGGTAA 0 1 5' arm Picea_engelmannii_x_Picea_glauca mirnest MIR396 0.000002 pab-MIR396c 5e-62 -46.2 .((((.(((((.((((.((((((((((((((((((.....(((...((((.((((.........)))).))))...))).....)))))))))))))))))))))).))))).)))) (-46.2)