mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTCAAGAAAGCCGTGGAAA TCCCACGGCTTTCTTGAGCTTC CTTTAATATTCTTCCCACGGCTTTCTTGAGCTTCGTATGCGGATCTGTTAGCGGTGCGATCTGTCGCCAACACTCCCGATCGGGAAGTTCAAGAAAGCCGTGGAAAAATATGAGA TTTTTTTTTTTTTTTTTTCACATAAAACTTTAACAGCACATTCAATCAAAGCAGCCAATAATCGAAGATATTTAAAACTACAGATTACGTAAAGATACCTTGTCCGAGTGCCTGGAATAGGGTTATATTACGTATCTGGAAACTGAAGTACCAAGTCGGATCACAGCAGAAGCAATAAAATTGAATCCCTTTAATATTCTTCCCACGGCTTTCTTGAGCTTCGTATGCGGATCTGTTAGCGGTGCGATCTGTCGCCAACACTCCCGATCGGGAAGTTCAAGAAAGCCGTGGAAAAATATGAGAGCATTCTCCGGCTTAGCGTACTGATAAATAAATATTCTTCCCTAATTCTTGATCGCTCTAATGGCCCAAAGCTTCCCCAATTCTTCAACTGTACCCGAAAGGAATCGTCTCTCTTTCCTTATGCAGAAGGAGGGCCGTCCATCGAATATCTTTAACTTCTATGGTCCTTATACTCTCTCCTGCTGTGTTATCGCCATTATTATCACCACAGAAGACTCATAACAACGAAATTTTCGCAAGCAATTATTGCACAAGAACGCCCATTACAGATGATGAAATCCATGCAGTCATCCGATCCGACACCTTCTTCCCGGAAAACTGCACAAGAACCAGACGATGGCCATCAGGATTATGGTGAACTTGGACGGGGTTCTGAGCAGCTCACGAGATTGGTCGTGCTCAGCTGGACCCAACATTGGATGCAACCAGGTTAACTCATACGAAAAGTGAAAGTCCCGTCGCTATTAAACCTAATAATATTTAAAACCCATGTGCTCGAACTTGTGGTGTCCTCATAAGATATATTGGTAA 1 1 3' arm Picea_engelmannii_x_Picea_glauca mirnest MIR396 0.000002 pab-MIR396c 7e-61 -44.4 .....(((((.((((.((((((((((((((((((.....(((...((((.((((.........)))).))))...))).....)))))))))))))))))))))).))))).... (-44.4)