mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAA TTTCCTCTCCTCCCAGACCCA GATAAAGTAGGGATGTGTAGTGAAGGCAATAGGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAACTATAACAATGCCTATATCACATCAGATCAGATGAGATCATGAGTGACTGCATGAGTTTTTCCTCTCCTCCCAGACCCAGTGGCCTTAAAACTACATGACATCCCTG TTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCATTAGCTGAAACATATAAATATCTAACGGCAAACCTGTGCCATGCGAGCAGATCTGAACAGCAACAGAATTACAAGTGCAGATAAAGTAGGGATGTGTAGTGAAGGCAATAGGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAACTATAACAATGCCTATATCACATCAGATCAGATGAGATCATGAGTGACTGCATGAGTTTTTCCTCTCCTCCCAGACCCAGTGGCCTTAAAACTACATGACATCCCTGTAATACCTACAGGACATAATCTCCATATTCTTCATAAACTGTCTACTGCGTTGCGTTGGGAAGGGAACTGTGATGAAGGCAACAGGAATGGGAGGAGTAGGGAAGACTGGTGAGATTAGAGCAAAGAATTATTGAAGCAGACTCACTTAACCGCAGTCTTACCCTATCCTTCCACTCCTCCAAACTTCATCCATACACATCCCTTTCTCACAACCAACGGCCTTCCC 3 1 5' arm Picea_engelmannii_x_Picea_glauca mirnest 100 pab-MIR3704 1e-57 -61 .......((((((((((((((.(((((....(((((.((.((((..(((((((((......((((.....((((.(((((((......)))).)))))))..)))).))))))))).)))).)).))))).....)))))...)))))...))))))))) (-61)