mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAGATTCTCTTGTTCTGCCA GCAGAATAAGGATCTGATC ACCCCACAGAAAGCAGAATAAGGATCTGATCAATCATAAGTTCTGGTGTATCACAATTCTTACCAATTTAGCAAGTTTTAGAAGTAATGGTTTGCCATTGTAGACCAACTAGGAAACAGAAACCTAGGAGTACATAGGGAAACTATTTCATTCATTTTGAGAATTATCTCCCGAAAATTTGATCAGGTTGAAATGATTTCATGCTAAAGAGGGACTGATTCAATACAAGGCGGAAACATTTTTGTCCATGTAATTGCAATAACCATTCAATTTGGAAAGAAAAATAGATTCTCTTGTTCTGCCAAAAAAAAAA GGGGATGTCTTTCGCTCAAAGTACTTAAATGTACTTGACTGGGTCTTTGGTGTTCCACATGCAACTGAACATTCCTTGGGACAAATCAAGATTAACACCCCACAGAAAGCAGAATAAGGATCTGATCAATCATAAGTTCTGGTGTATCACAATTCTTACCAATTTAGCAAGTTTTAGAAGTAATGGTTTGCCATTGTAGACCAACTAGGAAACAGAAACCTAGGAGTACATAGGGAAACTATTTCATTCATTTTGAGAATTATCTCCCGAAAATTTGATCAGGTTGAAATGATTTCATGCTAAAGAGGGACTGATTCAATACAAGGCGGAAACATTTTTGTCCATGTAATTGCAATAACCATTCAATTTGGAAAGAAAAATAGATTCTCTTGTTCTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 2 3' arm Picea_glauca mirnest 100 100 -61.6 ............((((((((((((((((.....((....(((.((.((.((((...(((((.....(((((((.(((((...(((..((((((((....)))))))))))..))))).....((((........))))((((.(((((((.....((((((((((.((....)).)))))..))))).))))))).)))).))))))).))))).)))).))...)).))).))....(((((.((((...(((((.(((....))))))))))))..))))).))))))))..))))))))........... (-61.6)