mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTACT TACTCCCCCCGTTTCAAAATA CAGCGTAGCTACTACTCCCCCCGTTTCAAAATATAAGATATTTTAGCTTTGTGAAGCAAATGTATCTAGACTACTTTTAGTATATAGGTTCACTCATGTTTAGAATGAATCTACACACTAAAACAAGTTTAGATACATTTTCTTTACAATCCTAACTTTATATTTTTTTGGAACGGAGGGAGTACTGATCAACTC CGGCACGAGGGTTAGTTCTGGATGACTGCAAGACTCATCATGTCGGTCTGTGATGGTGGTCTCTTGTGTTTGTAACTACCGTAGTATAGCCCAGGATTATGCACCTTCCTGCCATGGTAGAATTAGTCCAGCCGCAGCTACGTAGTGAGTATGATGTGCAGGAGCATCTCATCTCGGTTGCTAACGGGTAATCCTGTAGGAATGACAGCGTAGCTACTACTCCCCCCGTTTCAAAATATAAGATATTTTAGCTTTGTGAAGCAAATGTATCTAGACTACTTTTAGTATATAGGTTCACTCATGTTTAGAATGAATCTACACACTAAAACAAGTTTAGATACATTTTCTTTACAATCCTAACTTTATATTTTTTTGGAACGGAGGGAGTACTGATCAACTCTGATGGGATGAAGTCCTGCAAAGTGTATTATTTTCCTGGTACTTCCAAATATGCATTCATTTGTCTGCGGTAGGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Avena_sativa mirnest MIR1122 0.0002 100 -66.7 .(((...)))..(((((((.(((((((((((...((.(((..((((..((((((((.(((((((((((((((..(((((((...((((((((.((.......)).))))))))...)))))))..))))))))))))))).))))))))..))))...))).)).))))))))))).)))))))........... (-66.7)