mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGTCATTCTTGGCTGAG TTGCCAAGAACAACTTGCCCG GTCCTCATGCAGGGCCTGGCATGAAAAGCAGAGAGGGACACTTTGCCAAGAACAACTTGCCCGCAAGACTGTAATGCGTTTGTGGAACAATAATGCACAGCAGTATGCGGGCAAGTCATTCTTGGCTGAGTATGGCTATCTGCCTCGACATGCGAGAGCCTACACGAAT TTTTTTTTTTTTTTTTTTAGAACATTATTGATGCAGAAATATCTATTCAATCATATAAAATTTGCAGTTTCTCGGGGTACAAGCACACAATGCTAAAACTTGTAATATAAGAATTGAAGCCCTTGAGTGAATTGAGAGTGTCAACTCAAATATCGGAAGATAATCCCCATCATTATAAATTCATGCAAACACAGGGGTATATGAACCAACGGAACGCAACAACTCCTAAAGAGAACTGCTGGAGGAAACCCTCTCAACGGTATTGAGAAGCCAGCAATATGAAGAGCTACTTTTCCATAAATTATGAACAACTCTGATCCGTGAATGCGACGCCGTCCTCATGCAGGGCCTGGCATGAAAAGCAGAGAGGGACACTTTGCCAAGAACAACTTGCCCGCAAGACTGTAATGCGTTTGTGGAACAATAATGCACAGCAGTATGCGGGCAAGTCATTCTTGGCTGAGTATGGCTATCTGCCTCGACATGCGAGAGCCTACACGAATTTCTTCATAACTGAAAAAAATTACATGAATCTCAGC 3 0 3' arm Picea_glauca mirnest 100 100 -67.3 ...........((((((.(((((....(((((...((..((((.((((((((..(((((((((((..(((((..((((((..((...))..))))))..))))).)))))))))))..)))))))).))))....)).))))).....))))).)).))))........ (-67.3)