mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCAGTCCCAAAATA TTTTGGAAAGGAGCGAGTAAC CCTTCTATAATTACTCCCTCAGTCCCAAAATAAGTGATATGGATTTGTCTAGATTCGGATGTATCTAGCCGGATTTTAGTATATAGATACATATGAATGTAGACTAACCCAAGTCATTTATTTTGGAAAGGAGCGAGTAACTAATTTGA GATAGGAGTCGGACTCCACGTGCCAGTTTTCTCACTATAAATAGTACTCTCTCCTTCTATAATTACTCCCTCAGTCCCAAAATAAGTGATATGGATTTGTCTAGATTCGGATGTATCTAGCCGGATTTTAGTATATAGATACATATGAATGTAGACTAACCCAAGTCATTTATTTTGGAAAGGAGCGAGTAACTAATTTGACTTTGTCTAGATTCGAATGTATCTATACTTTGAAATGCTTTAGATATATCCTAATCTAGACAA 5 0 5' arm Avena_sativa mirnest MIR1122 0.0000001 far-MIR1122 0.0005 -50.6 .......((.((((((.(((....((((((((((((((.(((.((.(((((.(((((.(((((((((.....((....))...))))))))).))))).))))).)).))).))))))))))))))....))).)))))).))...... (-50.6)