mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGATATAGAAGGGTTAGT CAGCCCTTCTGCTATCCACAAC GGAGCTGTTTTCTTGCAGTATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTACAGATGTGGATATAGAAGGGTTAGTTAGTAAACAGTACGAAGCCCATCTAATAGAGATTCCATGAGAGGCATTTTATTGCAAGATGTTGGCTGTTCGAGATCAAGCGACTGTGTTCGAGCAGTGCATTTTAATGGCAATACTCATTAAATGGGTTGCCTGTTTTTTCTTTACCAGCCCTTCTGCTATCCACAACAGTACTAGTTTGCTCACATCAATTTCTTCGACGGCAATAAAAAATTAT TAACGGGTGTTCATTCAGGATATCATATCCCTCATTCTGCCCTTATCCTCATGAACCGAGCCTTATCATTTTGATCACCAATCGATGGCACCATGGCAAATTTTGCAGGGATGGGGAGCTGTTTTCTTGCAGTATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTACAGATGTGGATATAGAAGGGTTAGTTAGTAAACAGTACGAAGCCCATCTAATAGAGATTCCATGAGAGGCATTTTATTGCAAGATGTTGGCTGTTCGAGATCAAGCGACTGTGTTCGAGCAGTGCATTTTAATGGCAATACTCATTAAATGGGTTGCCTGTTTTTTCTTTACCAGCCCTTCTGCTATCCACAACAGTACTAGTTTGCTCACATCAATTTCTTCGACGGCAATAAAAAATTATGGACCAAGGCTCAAAAGTTTCCTGTCCCGTAAAAGACTCGGTATATTATTTATGTTCTCAAAGTATTTCAAATGCTCAAATCCTTTGGATCTGATTTGAAATTTTGAAAAATGTTTTAGAATCCTTCTTGCTTAACCGATGGGAGTTTTCTGACCTCTGTTCTCTGCACCCAATTCGAGAAACCCTCCAGGTATGATCTCGCTTTTATTTTGGGTCACAAGCATTTCAATTTATTGTCTTTTTTCTTTAACCGAAACCCTCCCATGGGTTTTTAGGCCGGAGTGAGGTCCTGCGACATATCGTTTTAGGATTCTCAGATAGAGCCAGGCAAAATGTATTTGGCCCAGTGGTCAATTTATTGCTGTTTTCCTTTAATAGAAAACCCGTCCATTTTGTGTTAAAAAA 1 1 5' arm Picea_glauca mirnest 100 pta-MIR946a 2e-17 -91.3 .......((((.((((.((..(((((((((((((....((((..((((...((((((((((((((((((.((.((.((((((.....(((((((.((((.((((((((((.(((((((((((.....)))))))).((((((((((..((......))..))))))))))....))).)))).))).))))))).)))))))..))))))...))..)).)))))))))).))))))))...))))...))))....))))))))))))).)).)))).))))...... (-91.3)