mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAA TTTCCTCTCCTCCCAGACCCA GATAAAATAGGGATGTGTAGTGAAGGCAATAGGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAACTGTAACAATGCCTATATCACAACAGATCAGATGAGATCATGAGTGACTGCATGAGTTTTTCCTCTCCTCCCAGACCCAGTGGCCTTAAAACTACATGACATCCCTG TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCTAACGGCAAACCTGTGCCATGCGAGCAGATCATATAAATATCTAACGGCAAACCTGTGCCATGCGAGCAGATCTGAACAGCAACAGAATTACAAGTGCAGATAAAATAGGGATGTGTAGTGAAGGCAATAGGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAACTGTAACAATGCCTATATCACAACAGATCAGATGAGATCATGAGTGACTGCATGAGTTTTTCCTCTCCTCCCAGACCCAGTGGCCTTAAAACTACATGACATCCCTGTAATACCTACAGGACATAATCTCCATATTCTTCATAGACTGTATACTGTGTTGCGTTGGGAAGGGAACTGTGATGAAGGCAACAGGAATGGGAGGAGTAGGGAAGACTGGTGAGATTAGAGCAAATAATTATTGAAGCAGCCTCACTTAACCGCAGTCTTACCCTATCCTTCCACTCCTCCAAACTTCATCCATACACATCCCTTTCTCACAACCAACGGCCTTCCCTTCATTT 3 1 5' arm Picea_glauca mirnest 100 pab-MIR3704 1e-57 -57.3 .......((((((((((((((.(((((....(((((.((.((((..(((((((((......((((.....((((..((((((......)))).)).))))..)))).))))))))).)))).)).))))).....)))))...)))))...))))))))) (-57.3)