mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATGGCCTTTTTGAAGGACA TCTTTTTAAAAAAGGTTATCAGA GTTTCAACCCTGATGGAATTCTTTCTTTTTAAAAAAGGTTATCAGAAAGATTCAAAGTTTGCAATAAGGAGAGGTTACCAAGAGATGGCGAAAGGGTACCTCCAACCCTAATTATGGGAACACATTTATGGCAACCAGTGTTATAGTGTGTTTTTACCACCAAATACCATTCCACGAGCATATGTTCTCTGAGTTCTCTGCGGCCCAGTTGGACGGAGATACAGTTGGATCGGATTTGATGGCCTTTTTGAAGGACAAAAAGCCTCCACGTCTGTGC ATTCAAACGAGTTACATGCAGGCATCTGACATAGCGTAGGCATCTCGTATTCCTAAAAGCATCGTGGTTTGATTTCACTTTGGTCTGGTCTAGAAAACAGGCAAAAGTATCCCTACAGCACTTAGAAGTAACCTTCCAACAATTAAATTTTGTATGAACACAAAATATGGAAGCAAATTGGAACTGAAAATATGTGTATATCTTAGATTTTGGAGCAGTTGGACTTGGCAAAAAATTAGAGCAACGGTTTCACCAAAATCTGTCTAAATTACCCTTGTTCCAGTGTCTCAAAGAAGTTGGAGTTAATCCACTAGAAGAATTGAAATATGAAATTTTGAACCACTGAAGGTTTGTGCAATTAGACAATGCTTTTGAAATAGAACTCTGTAGCTAATTAAAGCTGGGGTCAATAATTCCCAGTGTTTCAACCCTGATGGAATTCTTTCTTTTTAAAAAAGGTTATCAGAAAGATTCAAAGTTTGCAATAAGGAGAGGTTACCAAGAGATGGCGAAAGGGTACCTCCAACCCTAATTATGGGAACACATTTATGGCAACCAGTGTTATAGTGTGTTTTTACCACCAAATACCATTCCACGAGCATATGTTCTCTGAGTTCTCTGCGGCCCAGTTGGACGGAGATACAGTTGGATCGGATTTGATGGCCTTTTTGAAGGACAAAAAGCCTCCACGTCTGTGCTTTTACCACCGAACCAGCGTCCATGGATGATGTGAATTGGTCAGCTTCTTCCAGGAGCGTTTGTTCATAACACAGTTTAGATGACCATACAAACCATCACAGTCTAGCTGATCATATAAACCACCTTCTTAATGATCGGTGTCTACCTTCTGTGCAATTAAAAGTTTCAGCAGTTACAGTGGCCACGGCTATTGTCAATGCCATGGATACAAACCACACCAGCAGGCTGAGAAGAAGCCCTCTATGGTCCATTTATCCAGTGTCTATTAACTCCAACGTCCATTAACTCTCTGAGTTCTGTTATACATAAATACAACTCTTATAGGCTCTCCTCTGCAAATATGAAGGGTTCTGTATGGAAGGTGCGTAATGTGTTGAACATTTGGAAGAAGGCAGTAACGTAGGGAATGCTGTGTTGGCCGGAGTCGTGTAAATTGATGGATTCCTTGGGAAAACTTATAATTCATTCTCATGATTGCATCAAAACATCTACAGGATTGAACTTTGCACCGTTATTTTAATGGAGCTTTATTTTATGTTGTATGGGATGGGAGGTTGCATAATGTAGCTTCATTTTATCTTGTATTATGGAAAGCCGCATAATGGTAAA 2 2 3' arm Picea_glauca mirnest 100 pta-MIR1309 4e-21 -63.1 ((((((.......))))))....((((((..(((((((((((((((..(((((((.(((((......((((.((((.(((.....))).)..(((((.......))))).(((.(((((((((..((((((((.....)))))))).))))))...)))...)))))).)))).)))))...((((((((..((((.(((.....)))..))))))))).))).)))))))...)))))))))))))))))))))...........(((....))). (-63.1)