mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGCTTGAAGGGAGCTCCC GCGCTCCCTTCAGTCCAACCA AAGAGGTGACGGGGCGCTCCCTTCAGTCCAACCAAGGGCCACGTGGGGATGATTCAACTGCTGGTTCCTGGACTCTATTGTCTTGCAATGCTCGAGAAACGGTTTTGGTCTCAAGATAATAGTGTGCATGACACAGGAGTTAGATTGCCCTTACGGTGTTTTTATTTGGCTTGAAGGGAGCTCCCCGAATTCCTA TGCTAGAGAAGATAACGTGATTGCTTGTGGAGAATAAACAGTCACATCTATTTTATATTATCATATCCTGTTATCTTCTCACGTACTAGTTTGTTCAAATTTGTTTATTTGCTTTTGCAGGGAGATTGTTTTGAAATGCCTGTTCATAGCGTTACAATATTATAGACTAGTCCTGCGATGTGGGTACTGTGCTGTTATATATTTCTGATTCAAGCTTTTGTATTTCTTTCGATCGTCGAGATTAATGCTGTTGGTATATGGCCGTTTATTGCTTTGTTCTTTGTTATCTGACTAGCTGTTTTCGCTCAGAGATTTAATGGTTTCTTCGGGTATTTAGCCTTTTATTTTTATGATATCGGATAGTTTGTGAGGATTCATTAGCATTTACGGTCTCTTTCTATAGAAAGATGCAAGAGGTGACGGGGCGCTCCCTTCAGTCCAACCAAGGGCCACGTGGGGATGATTCAACTGCTGGTTCCTGGACTCTATTGTCTTGCAATGCTCGAGAAACGGTTTTGGTCTCAAGATAATAGTGTGCATGACACAGGAGTTAGATTGCCCTTACGGTGTTTTTATTTGGCTTGAAGGGAGCTCCCCGAATTCCTAGTACCAATTTACCGCTAATGGAATTTTATTTCGTTATACATGCTTATTTGAATTTTTGAAGGCAGTATTTATTTCGTGATGGGTTTGGACAGATCAGTCCTGCCATTTGTGATCTGCGCAGGTATCCAAAAAATTTTGCACGACTCTTCCAATACAGCGATGCTGTGCATATAGCAGAATCCATGGGATAACATGTCAAGGGATGGGAGTATTTTCTCGCAGAAATTGGCTGGGATATGAGGAGCTGCAATCCAAGCACTCCAAAATCACAATCTTGCCTAATGAAGAACGGTTAACATTGGTTTAACTTTTGAATGTACCCCATTTGAAAGCTGAGGGACCTATCTGTGTGTTCTAAGAATTGAACCAGAGAAGTGACCGAAAATAGAGGTTTTTGTGTGCCAGCTATCACTCTCCGCACAACAGAAAATGGACAGGACTATGTTGATCATAAACGCCAATTGTAGATATCATGAAATATTGCCCTTTTGCATTGGAGAGGACCTGAAAATGTAACATGACCGCAAGGCTTTCGTAAAAAAGGTAATTTGAAATATCATAAATACTTACCATCACAAGATTACCATAAAAC 3 0 3' arm Picea_glauca mirnest 100 pta-MIR159b 7e-19 -72.8 ...(((...(((((.(((((((((((.((((..((((((..(((((((.(((((.((((.(((..((.((.((.(((((((((((......((((((.....))))))...))))))))))).)).)).))..))).)))).))))).)))))))..))))))..)))).))))))))))).)))))....))). (-72.8)