mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGATGTTATTTTGT AAAGTATTTCTAAAAAAAAA TTATTTTTGTTTTTGTTTTGATGTTATTTTGTACCATCCTATAGGACTTGTGTCTCGGGCTTGTCACTAGAGACAAATATCGCACAATAAAGTATTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAG GAGATGATGAGGTCTGGGGGATATTCAATGTCAAGGCCATCGCATTATGATAGTCCGCACGGAGTTCCTGCATCGAGATTCACTTCCAATAATAAGGATCTTATGCATGGTGCCTCCACTGAATCGTGGGTGTCACCATCCCATCCAGGTCCTGGTGGTTCACTGAATCGGGTGAGGCAGGATTTACAGTATAATAATGCTTTATATAGGGAACGGGAGGAAGGGCATGATTACCAGCGTCCTCTTAAGCACCAAAAACAGAATGATGCTCATGATAGTCAAAACAGAGCACGGAATGAGCGTCCTGCAACTGACGATGCTTTGAAATCTGATCGGGAGCCTCTGCAACAGCCTGGTTTAGTGGAGGATAATCAGGAGCATTTGCTAGAAGAAATTCATACTTAGTGGCAGTGTTCTAGTGTTGAGTTCACATACCGAGAATAACTAGCTGAGACCTTTCACAATTTTTGGCATGAGGCTAACTCGATCTCAGCTCCAAGACACTGACTCGATCAAGGTGTTATAATTTCAGAATAATTGTCGCCATGTCTGCAGCAATATTACCTTAGAACTGGATTTTTGGTCCTTTATCTCGTTTTGCAATTAGAGGCTTGAACTTAGGACATTGTGACGATTTCCTGACCATTTTCCAACAAGCTCAAAGGGGAAATCTGTTGTTTTCTTTTCCATGATTCATGAGGGAAATCTGTTATTTTCTTTTCCATGATTCATCTCATTAGATGCATTTATTTTTGTTTTTGTTTTGATGTTATTTTGTACCATCCTATAGGACTTGTGTCTCGGGCTTGTCACTAGAGACAAATATCGCACAATAAAGTATTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCTCTT 4 1 5' arm Picea_sitchensis mirnest 100 100 -18.3 ...(((((.(((((.(((.((...((((((((....(((....)))..(((((...((..(((((......)))))...)))))))))))))))..)).))).))))).))))).. (-18.3)