mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCCTTCTGCTATCCACAT GTGGATATGGAAGGGCTAGGT TGAAGAAATTGATGTGTTCATATTGTACAGATGTGGATATGGAAGGGCTAGGTAACAGAAAATACAAAACCCATTTGATGCAGATTGCATAAGGGCCATCTTATTGTAGATTGTTGGTTGTTTGAGATCAAGCAACTGTGTACCAGCAGCTGTATTTAGATGGCCATGCTCATTGGGTTACCTTTTGCTCTTTACCAGCCCTTCTGCTATCCACATTCGTACTAATTTGTCCACATCAATTTCTT CCCGGTTAACATGGTTTCTGCGGCCATTCAACTTGCGCCAGTCACCAGTTTTGCAGGGTTCAGGCGCTGTTTCTTGCAATATGAAGAAATTGATGTGTTCATATTGTACAGATGTGGATATGGAAGGGCTAGGTAACAGAAAATACAAAACCCATTTGATGCAGATTGCATAAGGGCCATCTTATTGTAGATTGTTGGTTGTTTGAGATCAAGCAACTGTGTACCAGCAGCTGTATTTAGATGGCCATGCTCATTGGGTTACCTTTTGCTCTTTACCAGCCCTTCTGCTATCCACATTCGTACTAATTTGTCCACATCAATTTCTTTGAAGGCAATCTGTAGTCTCAGCAAAAAAATATGGAAGAGGGCATCAAAGTTTCCTGTCCCATAAATGACTCGGCTATACTATTTGTATTGCCAAAATATTTCAGATGGTTAAAATGCTTAGTCTGATTTGAAATTTGAAATATGTTTTAGAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCTCTT 0 2 3' arm Picea_sitchensis mirnest 100 pta-MIR946b 0.0000002 -91.1 ..((((((((((((((..((.(((((((.((((((((((((((((((((.(((((.(((.((.....((((((..(((.(((...........((((((((...(((((.((((((((((((((....)))))).......)))))))))))))...)))))))).)))))).)))))).....))..)))))))))))))))))).)))))))))).)))).))).))..)))))))))))))) (-91.1)