mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTTGGCAAGTTGTTCTTGCC CTTGAAGTAACTTGTTTCTAA TAATGCCACATGCTTGAAGTAACTTGTTTCTAAGTTGATAAGTACGCAACATCTAAATCTATTTCTTTTTCACACTCAATGCTCTTGAATATGATATAAGTGTGATTGCTTCTCTTCCATTGGTTGGCAAGTTGTTCTTGCCCTTGTTAAT AAGAACTCTTTTTTTTTTTTTTTTGATAGGACGTGAGGGTTTGTGAGATAAAGGGTATCTCCCAAACCCTAGGACGTGGGGATTTGGGTTTTCTTAGTTTGCTTGTTGCTTCTTCCCTTTGCTTGCTTCTTGCTTCTATCTCTTGCTTGCTTGTCTCTCTTTTCCTCAATAATTTCTAATTAAGCAAGCTAAAGTAAATTGCCTACCTATTTGGGAGAGGAATACCCCAAAAGGTTAAGTTAGGGTTTTAACATGTGATTATGATCTAAATGCTTAATGTTATAATTGTTCTAGATCTAGATCTAATACACTTAATAATTCTCTAACTTAAGCCTATTGGGCACCTTAAATCAACTTAACTCGATCTCATGCATGCTTAGTTCATTTCAAGTCTTTATCTTTATGTTTCATGCTTAGATCTATAATCTTTGATGTTTAATTGCTTCAATAAGTAGATAGTGTTCTTCTTCATTGCATAAGATCTCTTAATGCCACATGCTTGAAGTAACTTGTTTCTAAGTTGATAAGTACGCAACATCTAAATCTATTTCTTTTTCACACTCAATGCTCTTGAATATGATATAAGTGTGATTGCTTCTCTTCCATTGGTTGGCAAGTTGTTCTTGCCCTTGTTAATTTTTTAAGCTATCTAATTGTGCAATCAAGTGACATATGCATGTGTTAATGCTCTTAATCTCATAACTAAATCAACACTTTTTAAAGGCTGAAGTGAGTTTCGGCCAAGTCACTAAATCACTCTTAAAAAGTGTCATAAAATTCTTAAAACACTCCTAAACACACCTAAAAGTCTACCTAACTTATATAATAACTTAATAGACTCTTTA 4 2 3' arm Picea_sitchensis mirnest 100 100 -26.4 .......(((.((..(((.(((((((((.((((...((.(((((....((((.((.(((...(((.....((.......)).....)))...))).)).))))...))))).)).....))))..))))))))))))..))...))).... (-26.4)