mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCTTGCGAGGATAGGAAAAA TTTCCCACTCCTCCCAAGCCCA CGCAAGGGGAGAAAGGCCAAAGGCTTGCGAGGATAGGAAAAACTCGTGTGGTGTATTTTCTCACTCACCGATCTACAGTTTTTCCCACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTGT GAGAAGTCGTTGGCCGCCGCAGGAAGGAGCGCAGAATAAAGAAGCGCAAGGGGAGAAAGGCCAAAGGCTTGCGAGGATAGGAAAAACTCGTGTGGTGTATTTTCTCACTCACCGATCTACAGTTTTTCCCACTCCTCCCAAGCCCATGGCCTTGCCTTCCCTGTCAAACCTCAGGATCTGCTCAGTGAAGACCGTCCAAATCGTGGCTCAGGAATAGCCAAAATCTTTGTAGATAAGACTATGGGCACAAGTCAGGGATTTTGGTCGTGTATCTTAATTGTGTTATCTTACCCAGAGTGATTTGGGGAGTGGAGATTGTTAAGATGTTGGAAGTTGGATATCCAAAATGAATACTTTTCACTGTTCACTCTTTAAAATGGTTGGGAAGTGGAGATTGTTGGTTGTTGGAACTTGGAAATTTAGAATGCATACTTTCACAGTTCACTTTCCAAAATGGTTGGAAGGTGGGGATTGTTTGTTGTTGAAATTTTGATCTTCAAAATGAATACTTTCAGAGTTCACTTTCCAAATCCAAAATGAATACTTTCAGAGTTCACTTTCCAAATTGGTTGGTTGAAGGTTGGGATTATTGGTGGCTAGAACTTTTGGATATCCTTTATGAAATTACATATATTTTCATGCCAAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 5' arm Picea_sitchensis mirnest 100 pab-MIR482d 4e-50 -51.3 ....(((((((.(((((((..((((((.(((((..(((((((((.((((((((............)))))...))))))))))))...))))).))))))..)))))))..))))))).. (-51.3)