mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGACCAGGCTTCATTCCCCT GGGACTGTTGTCTGGCTCGAG TGATCATTGGTTATTCGTTGTGGGGACTGTTGTCTGGCTCGAGGTCATTCAGATTCATATACTAATTGATTATCAGACTGAGTGATGCCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACTCCAAACCAAAAATA GGGGGTGTGGGGTTCATGTCTTTGTCCCTTAGTCCAATTCGGTTCGATTCCCTCGGGAGAAGAACATAAGCTGCTTGCCCGCCTAAGATGGGTTCTAGGGTTTTAGCGTGGATGAAGGAGATCTTGGTTGAGGGGAATGCTATCTGGCTCGAGGTCGCCTTCCTTCGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCTCTCTACTTGGACTTCCAAGCCCTCATGCGCTGTATTCTCTGTCCTTAAATATCCCATATCATCCTTGAATTCTTCACTCCAGCACCCAACAGAGTTCCATTGTGTGAACCAGACAAGTTTTGCTTTGGTTTTGTCCTTAGTCTTGCAACAACTGCTTTCCCTTCTTGAGTTTTGACTTCGCTGTAGGTTTTGGTCTTGTAGTGTTCATTCAGGCTATATATTTTTGCATGTTCAATTTCAGTCCATGGTTGTCTCACCACCAGACACTATTTTCATTCTGATCGAGATCACCGTCCGTGGTTTTCGCTAACCTAATCTATGTTGCATGTCCGACCAGCTTGCACGGATTGTAAGCCAACGATATTCCCTGGGCTGATCTGATCATTGGTTATTCGTTGTGGGGACTGTTGTCTGGCTCGAGGTCATTCAGATTCATATACTAATTGATTATCAGACTGAGTGATGCCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACTCCAAACCAAAAATACTTCACTGGTTGCAAAAAGTTATAGCAGTTCTCAGAAGGTAACAAGGTAAGATTCATATAGCGTTTTGCACATTTTCATCTTCTTCTCAATGACTGTTTGTTTACAACGAATACTTTATTTAACTCTACAGTAGATCGTTCTTACCACAGATGCCTTTAGCTACTTCAATCTCAGAAGACTTTATCCACTTCTGCCTGGAATGGGATCTATGCTATGCTAGTTTTCATCAGTGTACATTGCTTATGTTTGGTTTGAGTAACGGGGGATAGTTTTCTTCGGTATAGAAATAAGATATATCCAAGTATTTGGTTTGAATAACAGGGATGTTATTGTTGTAATAAATTAGAGAAAAGCTTATTTGTCTGCACAGACCTAGTATAGAGATCTGGAGGTCTGAACAACAAAGCTTATTTGTTGTAATAAATTAGAGAAAAGCTTATTTGTCTGAACAACTTTAAATATAACCTAAGAAATGTTATTTGTCAAAAAAAAAAAAA 5 0 3' arm Picea_sitchensis mirnest mir-166 0.0000005 bna-MIR166b 0.000000006 -41.1 ......((((((....((((.(((((.((..((((((.(((..(((((((((.((.(((...........))).)).)))))))))..))).))))))..)).))))).))))....))))))..... (-41.1)