mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGAATGACTTGCCCG GGTAGGTTATTCTTGGCAAAG TTATGAAGAAATTCGTGTAGGCTCTCGCATGTCGAGGCAGATAGCCATACTCAGCCAAGAATGACTTGCCCGCATACTGTTATGAATCATTGTTCCACATGCGCATTTCAGTCCTGCGGGTAGGTTATTCTTGGCAAAGCATCGCTATCTCCTTTTTCATGCCAGGCCCTGCGCGAGGATGGTGTGT TCCCGGCTCCAATTACACATCTTATTCTCTTACTCTGAGATTCATGTAATTTTTTTCAGTTATGAAGAAATTCGTGTAGGCTCTCGCATGTCGAGGCAGATAGCCATACTCAGCCAAGAATGACTTGCCCGCATACTGTTATGAATCATTGTTCCACATGCGCATTTCAGTCCTGCGGGTAGGTTATTCTTGGCAAAGCATCGCTATCTCCTTTTTCATGCCAGGCCCTGCGCGAGGATGGTGTGTTATTCACGGATCAGATCGTTATCATCGAATATATCTGCGTTTTGGTAACGAAATAATTTATGCAGAAGTAGCTCTTCATATTGCTGGCTTCTCAATACCGTTGAGAGGGTTTCCTCCAGCAGTTCTCTTTAGGAGTTGTTGCGTTCCGTTGGTTCATATACCCCTGTGTTTGCATGAATTTATAATGATGGGAATTATCTTCCGATATTTGAGTAGACACTCTCAATTCACTCAAGGGCTTCAATTCTTATATTACAAGTTTTAGCATTGTGTGCTTGTACAGCGAGAAACTGCAAATTTTATATGATTGAATAGATATTTTTGCATAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCTCTT 2 0 5' arm Picea_sitchensis mirnest 100 100 -77.4 .((((......((((((((((.(((.(((((..((((.(((((((.((.((..(((((((((((((((((((((.((((..(((......(((...)))....)))..))))..)))))))))))))))))))))..)).)).)))))))))))...))))).))).)))))))))).....)))). (-77.4)