mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCCTTCTGCTATCCACAA GTGGATATAGAAGGGTTAGT GAGCTGTTTTCTTGCAGTATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTACAGATGTGGATATAGAAGGGTTAGTTAGTAAACAGTACGAAGCCCATCTAATAGAGATTCCATGAGAGGCATTTTATTGCAAGATGTTGGCTGTTCGAGATCAAGCGACTGTGTTCGAGCAGTGCATTTTAATGGCAATACTCATTAAATGGGTTGCCTGTTTTTTCTTTACCAGCCCTTCTGCTATCCACAACAGTACTAGTTTGCTCACATCAATTTCTTCGACGGCAATAAAAAATTA CTAGGCATTAAAACCGTGTCCATCCCGTGTGAATGCATAAATGGTAGATTTATGGATGCATTGTTGGTAACGGGTGTTTATTCAGGATATCATATCCCTCATTCTGCCCTTATCCTCATGAACCGAGCCTTATCGTTTTGATCACCAATCGATGGCACCATGGCAAATTTTGCAGGGATGGGGAGCTGTTTTCTTGCAGTATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTACAGATGTGGATATAGAAGGGTTAGTTAGTAAACAGTACGAAGCCCATCTAATAGAGATTCCATGAGAGGCATTTTATTGCAAGATGTTGGCTGTTCGAGATCAAGCGACTGTGTTCGAGCAGTGCATTTTAATGGCAATACTCATTAAATGGGTTGCCTGTTTTTTCTTTACCAGCCCTTCTGCTATCCACAACAGTACTAGTTTGCTCACATCAATTTCTTCGACGGCAATAAAAAATTATGGACCAAGGCTCAAAAGTTTCCTGTCCCGTAAAAGACTCGGTATATTATTTATGTTCTCAAAGTATTTCAAATGCTCAAATCCTTTGGATCTGATTTGAAATTTTGAAAAATGTTTTAGAATCCTTCTTGCTTAACCGATGGGAGTTTTCTGACCTCTGTTCTCTGCACCCAATTCGAGAAACCCTCCAGGTATGATCTCGCTTTTATTTTGGGTCACAAGCATTTCAATTTATTGTCTTTTTTCTTTAACCGAAACCCTCCCATGGGTTTTTAGGCCGGAGTGAGGTCCTGCGACATATCGTTTTAGGATTCTCAGATAGAGCCAGGCAAAATGTATTTGGCCCAGTGGTCAATTTATTGCTGTTTTCCTTTAATAGAAAACCCGTCCATATTGACTGCAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 3' arm Picea_sitchensis mirnest 100 pta-MIR946a 2e-17 -91.3 ......((((.((((.((..(((((((((((((....((((..((((...((((((((((((((((((.((.((.((((((.....(((((((.((((.((((((((((.(((((((((((.....)))))))).((((((((((..((......))..))))))))))....))).)))).))).))))))).)))))))..))))))...))..)).)))))))))).))))))))...))))...))))....))))))))))))).)).)))).))))..... (-91.3)