mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGCCTTGAATGTTAGGAGAA CTTTAACATTAGAGGCCGATA TCCAATTCCAATTGATAACATGTTAGTTAGCTGAAGAGATTCTTTAACATTAGAGGCCGATATAGAATAATATTCCTATTCTTAATCGGCCTTGAATGTTAGGAGAACGTTTTCCTCTACCTAAGCATGCTATCTCAAAGGAGTT GGGGCTATCTCAACGGAATTTTGAGGAGGATTAAGGATGGCTGGCTGCGTGGAACGCTCTGCAATATTTGATACTCAAATGGAATTTTACTCTTTGCTTTGGAAGTTGAAGAAATTGTTCATAAGGTTAAGTGCCAATTCCAATTCCAATTGATAACATGTTAGTTAGCTGAAGAGATTCTTTAACATTAGAGGCCGATATAGAATAATATTCCTATTCTTAATCGGCCTTGAATGTTAGGAGAACGTTTTCCTCTACCTAAGCATGCTATCTCAAAGGAGTTTAAGATGCTATCTCAAAGGAGTTTAAGGAGTGGCTGGCTGCGTTGAACCCTCTGCAATATTTGATACTCAAATGGAATTCTACTCTTTGCTTTGGAAGTTGAAGAAATTGTTCATAAGGTTAAGTGCCAATTCCAATTCCAATTGATAACATGTTAGTTAGCTGAAGAAATTCTTCGACATTAGAGGCCAATATAGAGTCATATTCTTATTCTTAATCAGCCTAGAATATTCTTAATCGGCCTCAAATGTTAGGAGAAGGTTTTCCTCTACCTAATCATGCTATCTCAATGGAATTTTAAGGAGTATCTGGCTGCGTGGAGCCCTCTGCAATATTTGATACTGAAATGGAATTTTACGGAGTAGCTGGCTGCTTGGAACTCTCTGCAATATTTTTTTTTCTCGAATTGAACGTCATATTTGTTCAAAAAAAAAAAAAAAA 1 1 3' arm Pinus_banksiana mirnest 100 pta-MIR1314 2e-71 -45.1 ...((((((....((((.((((((((.(((..(((((..((((((((((((.(((((((((..((((((.......))))))..))))))))).))))))).)))))..)))))..))).)))).)))).)))).....)))))) (-45.1)