mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATCTGGGCCACGATGGT AATCGTGCCGCAGATGATAAG AAGAGGTTTGGAAGGTGATCTTTACATCTGGGCCACGATGGTTTATTGTTCATCATCTGTTTGTGATAGACAATCGTGCCGCAGATGATAAGAGCACCTTCGCCTTCGCT GGGGGAGATTTGGTGAAAAGGAAGCGATGGTGTTCTTCAGGTGGAGGGGAAGAGGTTTGGAAGGTGATCTTTACATCTGGGCCACGATGGTTTATTGTTCATCATCTGTTTGTGATAGACAATCGTGCCGCAGATGATAAGAGCACCTTCGCCTTCGCTTACATGGAGTACGAGTATTGTTGGAGAAGCCGGGAGTCTGTCTCCGTTTGGTGTTTTCTCTACGCGTATTCCTAAACAAGGTTTTTCGCACTTTACTCAAAGATGATTAATGCGATTTGCTGATTTGGTGTTCCAATTTATTGTCAGACACTACCCAGTTGCTTTGGAGTAGAAAGAGGAAGATGAAGCAAACGTGTTATTATCCTCTGGGTCACGATGGTTTATTATGTTCAAAACCGCTGAATCGAAAGACAGAATACCATCGCCATTGGCCATTTGGTACATGGATTTGGTGAACTTGACTGACAAACGATAAAAGCCATTGGAACAGTCTATGTTCGTGTGGGTATTTTGTCTCTTATCTTTGTGTTCAATAGATATATAGATATGGAAAAACCTCTGTCCATGTTGGGGTTTCGTTATTTACCTTAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA 3 2 5' arm Pinus_banksiana mirnest 100 pab-MIR950 4e-19 -40.3 ..(((((...(((((((.((((..(((((((((.(((((.(((((((((.((.....))...))))))))).)))))))).))))))..)))).)))))))))))).... (-40.3)