mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGACCTTCTCCTATCCACAA GTGGATATGGAAGGGTTAGTA GGACCTGCTTTCTTGCCATATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTATGGATGTGGATATGGAAGGGTTAGTAAACGGTACAAAACCCACTTAAAGGATATTCCGTTAGAGGCATCATTGTTGGCTGCTCGAGATCAAGCAACTGTGTTCAATTTGATGGCCATACTCACTAAATGGGTTTCCTGTTTTCTCTTCACCAGTCCTTCTCCTATCCAACTCTGTTCAAGCACCTGCATTTTGACGCCCATGGCTCTTCTCCTATCCAGCTGCACCTGTATTTTGACGGCCTTGTTCATTAAATGGGTTGGCTGTTTGCTCTTAACTAGACCTTCTCCTATCCACAATTGTACTAGTTTGTTCACACCAATTTCTTCGACGGCAATCTGGAGCGGC GGGGACGCGGAGTCCCACGCTATTAAAACTGTCCGGCAGTTGTCAAAGCATGAATGGTGGATTTGTGGATGCATTGTTGGTGATGGGTGCATATTAATTATTTTCAGTGCCCCACGCTGACCTTATCTTCTGAGCCTTAGCTTATCGTTCTGAACATTAAGCAATGGCACCACGGTAGGGTTTTGCAGTGCTCGGGACCTGCTTTCTTGCCATATGAAGAAATTGATGCGTTCAGAGTGTATGGATGTGGATATGGAAGGGTTAGTAAACGGTACAAAACCCACTTAAAGGATATTCCGTTAGAGGCATCATTGTTGGCTGCTCGAGATCAAGCAACTGTGTTCAATTTGATGGCCATACTCACTAAATGGGTTTCCTGTTTTCTCTTCACCAGTCCTTCTCCTATCCAACTCTGTTCAAGCACCTGCATTTTGACGCCCATGGCTCTTCTCCTATCCAGCTGCACCTGTATTTTGACGGCCTTGTTCATTAAATGGGTTGGCTGTTTGCTCTTAACTAGACCTTCTCCTATCCACAATTGTACTAGTTTGTTCACACCAATTTCTTCGACGGCAATCTGGAGCGGCAATGAAAAGATATGGAACAGAGCTCAAAAGTTTCCTGTCCCGCAAAACGGGAATACATCCATAAGTTCCTCCAAGTTGATTTGTAAACGACTGAATCATTTACAGTCTCCTCAAGATTCATGTTGGAGTGTTGCGGCTGATATTTGAGAGGTGCCGACAAACGCAGATGTCCTTTTAAAGGAATGCACACCATTTGGGATGTTGTTTTG 3 2 3' arm Pinus_banksiana mirnest 100 pta-MIR946b 1e-25 -103.4 ....(((((((.(((((...(((((((((((.((....((((..((((((.((((((((.(((((((((((((((((((....((((((.((((.(((((..(((((((((((.(((.(((.((.((((.(((...(((..((((((........(((((....(((((.....)))))...))))).......)).)))).)))................))).)))))).)))...))).)))...((((............))))((....))..))))))))...))))).)))).)))))).))))))))))........)))))).))))))))))).))))))...))))....)).)))))))))))..)))))...))))))). (-103.4)