mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACAGAAGAGAGAGAGCAC GCTCCTTTTTGCGTCGTCA GGCTGTTGTGATGACAGAAGAGAGAGAGCACGCCCAGGTGATGGCAGGTAAGGCAGGGCATATCTCCCCATAGGAAATTTCTCACCCAGTACACCTATCAGACGTTTCTCTTCTTGGCTTCCGGAGTTGGCCAATGAATCTAATGAATTCTTCCGCCGCCGTTCATTGTGCCCCGCCAACCTCCTTCTGCAGCTCCTTTTTGCGTCGTCAAATTCCG TTTTTTTTTTTTTTTTCAGAAACGATAAATATATTCATGAAAATAAATAGAAAATTCATCTATTCCCCACTTGAGTACAATAGATATACAGAGAATTTTCTACACTAGTTTTTCAGCCTAACATGCATAGCAGATCTCTTGCCATGGCTTTACAGATTCAAGGTCTATTAAATAAGGATCGATGAGTAATCATGTGATGTGTGTTCCTTCAAAAGACTTCCAAATTTCACATTCTTCTTCTTCTGAAGAGGAGGACGATGACCGGTTTCTTCCAGACTGCAATGCAAATAGAGAATTGGATTGCTGCATCAAATCAAGTGTGGGCCGTACAACAACTGCATGGCTACCTATTGCTCCCCCATGTTTCTTGACCTCCTCTTCAACATATTCAACCTTCCCATTATTCTCAAGGGAACGTAACCCTGGCATGAACCTGCAGTTTCCCATCTCCTCCTGTGACTGTGTTTGTTGCTCTTGTATTGGTTGTTGTAGCATTCGAACACTGCGACTATCTCTCTGATCATATTGACCCTCGGAATACCTAGACACGCTTTGAGCTCGATTCTCAGCAATAAGTTCTCTCAGAGCTGCACTGGATCGAGAAGACAAGTCTCCAGAGAGAGAACAGGCACCAGAATTCATCCATGGCTGTTGTGATGACAGAAGAGAGAGAGCACGCCCAGGTGATGGCAGGTAAGGCAGGGCATATCTCCCCATAGGAAATTTCTCACCCAGTACACCTATCAGACGTTTCTCTTCTTGGCTTCCGGAGTTGGCCAATGAATCTAATGAATTCTTCCGCCGCCGTTCATTGTGCCCCGCCAACCTCCTTCTGCAGCTCCTTTTTGCGTCGTCAAATTCCGATATGGCATGGAATCTGCTGCACTGCTGACAGAATCGT 4 2 5' arm Pinus_banksiana mirnest 100 sbi-MIR156d 0.000003 -52.8 ((..(((.(((((((...((((((.((((.....((((....((.((((..(((.((((((((......)))((((((.(((.................))).)))))).(((((((((.........)))))).)))..((((((((............))))))))))))).))).)))))).))))..))))))))))..)))))))))).)). (-52.8)