mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTATTCCTCCCATT TGGGAGGGTAGGAGAAGGCT AAGTCTTGAGGAGTGGGAGGGTAGGAGAAGGCTCTGTGGTGAGGTCTCAGTCATAATCATCAGTCTTCCCTATTCCTCCCATTCCTATTGCCT GGGGGGAATTAGGTGAGAGGCCGAGTTTGTATGTACTTTATATGTCTGAGATTTGCGGAGAAGAGAGGAATTAGGTGAGAGGCCGAGTTTGTATGTACTTTATATGTCTGAGATTTGCAGAGAAGAGAGGAGGGAATTGTGTATCCAAGGAAGGAAGAACAGCTATTGGTTTGTTGATTTTGAGAAGGGATCTGTCATGTGGATGGAAGTCTTGAGGAGTGGGAGGGTAGGAGAAGGCTCTGTGGTGAGGTCTCAGTCATAATCATCAGTCTTCCCTATTCCTCCCATTCCTATTGCCTCCCTTCACAATGCAACACAGTACACAGCCTGTTAAAGAAACGAATATGGCTAAATATCATTCTGGTTTGTGGGTATTAATGGGGATGTCCTGTAGTTTTAAGGCCATCAGGTCTCTGTGGGTTGGAAATACCTACGCAGTAATTTATGATCTGATGACATCTATGCACTGTAACAGTCTTCCCGACTCCACCGAGACCCATGACCTTCTTCACTACACATCCCTTTCGTGCCCGCTCTATTAACTCTGGCGCTGTTACTCTCCAGATCTGCAAACATGGCACAGGGGACATGGAGCTTATTATACTGTGACCAAGATCCAGATTTGGGTGTATGGCTTGGATGTTAGAACAAGAATTAGTTCTGGATTTGGGTGTATGGCTTGGATGTTAGAACCAGCATTAGTTTTGTGTTTCCTTTCTTAGAGTACCATGTAATAATTGTAGAGAAGTCAATTTGTTTGTGTAA 0 2 3' arm Pinus_banksiana mirnest 100 pta-MIR482c 2e-33 -35.8 ........(((((((((((((((((.(((((((.((..((((........))))...))..))))))))))).)))))))))))))....... (-35.8)