mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGATGAGTTAGGGCATG AGGCAATAGAGACAGGGATGAGTTAGGGCATGGGAGTTGCATATGCAGAAACGTCTGCTTCTGCCATTCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCGCTTCTT GGGGGACCATTTAATTCGATCTTTCTTCCCTTTCTCATCAGTTTCCACGGTTGTTCAATTCTCGAATGGCTCTGACAGAGTTACTCTGTGCAATATTTGCTTGAAAGAGAGGAAAGAAGGGAAGAGGATTCAAGGGGTTCCACGACTCGGCCAGGCATGAATATATTAAATGCATATGGGCACAGACATGAATATATTAAATGTATATATGTGCATAACGGTGTATATATGTGCATAACGGTAGCCAGGCAATAGAGACAGGGATGAGTTAGGGCATGGGAGTTGCATATGCAGAAACGTCTGCTTCTGCCATTCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCGCTTCTTCTCCGGCTCTTTTTTCTGCAACTTCTCTTATTTTTGAACTTTCAGGTTTTCTCAGTAGATAACTCAGACAACCTTTCTAAGTTGTGTGAATTATGCAGAATTGAAGATTTCTCAATTTTGCAACTAGTTCGTTTTTATGTGCAGGGGATATTTTCATAATGCAGGTAATCATATTGGAAAGAGGGCATGGTCGATTCACTGATCTAAGGTCCGGTGTGGTTCAGGTTGACAAGTTTCAGATGGGCCTCAGTTTGATGAATTTTTATGCTCAATGACTCTTAAATTGAAGCCAGTATGGGTGACATTTTGAAATTTCCCTTTCTTTTGAAGGGCTGTTTATTGTATTTTATGGTTATTGGTATGCTAAATTGCAGTGTATGAATGTGTATATATAATGTGAACATTGGGACTATGAACCTTTTCTATAAGCTACATTATTTATTCTTGAGGAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 3' arm Pinus_banksiana mirnest MIR408 0.000001 pta-MIR408 7e-39 -44.1 .(((....(((.((((((.(((.(((.((((((((((.(((...(((((....)))))...))).)))))))))).))).))).)))))).)))))).... (-44.1)