mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCC CGGGCTGGCATAACTCCGCCC CGCCTCTGCTTATTGGCTTGGTAGGAACAGGCGGGCTGGCATAACTCCGCCCATATTTTACTGTCAGAGATGGTCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCCCATTCCTACTGTGCCTTTTAAGTAATTT GGGGGCAACAGGGTCACCTTTGTAATTATACTGGAGGACCGCAGTTGAGATCTCATAGGTCCAGAAATGGAAGGGCTGGAGGGCGGTGGTTGTGAGAAATGAGAAGGCAGTCGGGCCATGGCCGCCTCTGCTTATTGGCTTGGTAGGAACAGGCGGGCTGGCATAACTCCGCCCATATTTTACTGTCAGAGATGGTCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCCCATTCCTACTGTGCCTTTTAAGTAATTTTAGAAATGGAGCAATTCGATATGCTCGGTGCCTTTAAGTAATTACAAAAATGGACAAATAAGATGTGCTCAGTAGGAGCATACATCGATGCTTGGTAACCGCTCTGCTATTTTTATGTACTGAAATTTTCTTCTTTATTTTATACATTTTGGAGGAGCGGTTAATTTTGCAGGCAATAATTGTAGAGTAAGTGCTAATTTGCAGATATTGGTTTTTTCTTAATCCTTCTGCCTTGGAAATATGATTTTTCTTTGTAATTATTTTAATGTTTAGTTACTTTCTTTACCGATTTCAACAGTACCCGAGTATAGATCGGTAGATTTAATTTGTTTTGTAGATGCCTTGCTTTATACATCTTCATCCCTTTAATTTGTTTGGCTGATTTGGGATTTTCTCCAGTTAACTCCTGCCTTCAGAACCAAAAATGTTCACTGGATGTAGTTTATTTAAACGTTGAAGGGAAGTTACCCTTAGAAAATCAGGAGCTTAATTTTTGGGTCAGCAGTTGTCTAGGAATTTGGTATTAGGTGTTTTGAACTAGCGGCTGATGTTTACAATGATGATGTTAAAGATAAGCCTGGTGTGGCCTTGAGAAAAAAAAAAAAAAAA 4 1 3' arm Pinus_contorta mirnest 100 pta-MIR1311 2e-43 -50.5 ......((((((..(((.(((((((((..((((((((((((.(((((...((((.(((.......))).))))...))))).)))))).))))))..))))))))).)))...)))))).... (-50.5)