mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTATTCCTCCCATT TGGGAGGGTAGGAGAAGGCT GGGATCTGTCATGTGGATGGAAGTCTTGAGGAGTGGGAGGGTAGGAGAAGGCTCTGTGGTGAGGTCTCAGTCATAATCTCATCAGTCTTCCCTATTCCTCCCATTCCTATTGCCTCCCTTCACAATGTAACACAG GGGGGAAGAGAGGAATTAGGTGAGAGGCCGAGTTTGTATGTACTTTATATGTCTGAGATTTGCGGAGAAGAGAGGAATTAGGTGAGAGGCCGAGTTTGTATGTACTTTATATGTCTGAGATTTGCAGAGAAGAGAGGAGGGAATTGTGTATCCAAGGAAGGAAGAACAGCTATTGGTTTGTTGATTTTGAGAAGGGATCTGTCATGTGGATGGAAGTCTTGAGGAGTGGGAGGGTAGGAGAAGGCTCTGTGGTGAGGTCTCAGTCATAATCTCATCAGTCTTCCCTATTCCTCCCATTCCTATTGCCTCCCTTCACAATGTAACACAGTACGCAGCCTGTTAAAGAAACGAATATGGCTAAATATCATTCCGGTTTGTGGGTATTATGGTGATGTCCTGTAGTTTTAAGGCCATCAGGTCTCTGTGGGTTGGAAATACCTACGCAGTAATTTATGATCTGATGACATCTATGCACTGTAACAGTCTTCCCAACTCCACCGAGACCCATGACCTTCTTCACTACACATCCCTTTTGTGCCCGCTCTATTAACTTTGGCGCTGTTACTCTCCAGATCTGCAAACATGGCACAGGTTTGTTGTTGGTTAGGTTATTATTTTGAACAAGTTTTTCCTTTTTATTTCTTGACTCCACAGTTAATTATGGCTTCCCTTGATCAGGGTCATGGCTGCAACATACAGTTGATTGTAAGCCTGTCCCTGCTTTATGTCGTGAATTTATTTATTTTTGCAGGGGACATGGAGCTTATTATACTGTGACCAAGATCTAGATTTGGGTGTATGGCTTGGATGTTAGAACAAGAATTAGTTCTGGATTTGGGTGTATGGCTTGGATGTTAGAACCAGCATTAGTTTTGTGTTTCCTTTCTTAGAGTACCATGTAATAATTGTAGAGAAGTCAATTTGATTGTATGAATAGTTTGATAGTAGAGATGCCTGTTTAGAGAGGATTATGGTATGTAAGAACCTTTATTTTAAGGTCTCAACCTATCATATTAAGCTGTTGAAATTACTAATAACAGATCTCAAGTTCAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAA 0 2 3' arm Pinus_contorta mirnest 100 pta-MIR482c 6e-40 -50.8 .((.....)).((((((.(((.((....(((((((((((((((((.((((((....(((((((((..........))))))))))))))))))).)))))))))))))...)).))).)))))).(((...))). (-50.8)