mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCTGGAACGAAGCACGCT CGTGTTTCGGTTCAGGCTCATG CGTGTGGCGCCTGGAAATTCATAGCCTGGAACGAAGCACGCTATCTTTGAATTCCATACTTTGTTAATAACCTTTCTCGCTTTCGATCTGCTGGTGGATCTTCATCTGTTTTGCACTTGTATTATTGTCCATGGGGAAAAGACAGCGTGTTTCGGTTCAGGCTCATGAATCTCTAACTGTCAATC GGGGATCGCATCGCCCTGGTTTCGATTCCCCCAAGCGTGTGGCGCCTGGAAATTCATAGCCTGGAACGAAGCACGCTATCTTTGAATTCCATACTTTGTTAATAACCTTTCTCGCTTTCGATCTGCTGGTGGATCTTCATCTGTTTTGCACTTGTATTATTGTCCATGGGGAAAAGACAGCGTGTTTCGGTTCAGGCTCATGAATCTCTAACTGTCAATCAGATTCTCTCTCTCTTTCTTCCATTTTAGCGATGATATAACCAGGTATTTACAGGAAAAATCTCCTTTCTCATTTCTTTAGAATTTGTTTGGGGTGCCATGAACAAAATACATAGAAGACTTCGTGCATGAAAGTTCATTGCACTTGTATCCTTTATTTCAGTTCTTTTCCGTTATCAGTATTTTGTTTGGGGTGCCGTGAACAAAATACATAGAAGACTTCGTGCATGAAAGTTCATTGCACTTGTATCCTTTATTTCAGTTCTTTTCCGTTATCAGTAGCGTCAACAAGGTTTAGGATGCAGCGTTGCAATGTCTTAAAAGTGCGATTCTTTTAGATAAAGAATTCGGATTTTCTGTAGTAATGTTTGAAAGCTGTTGAAGTTTAGAATCCATCTTCGATAGAATCTATCTTTGAGACAATGGTGGAAAGAAAAAGAGGAAGCAGAGTTATTCTTTTAGATAAAGAATTTGGATTTTCTTAAGTAATGTTTGAAATCTGTTGAAGTTTAGAATTCATAGAATCTAATCTTCGATAGAATCTATCTTTGAGATAGAATCCATCTTTGAGACCATGGTTGAAAGGAAAAAAAAAAGCAGAGTTGTTTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 1 5' arm Pinus_contorta mirnest 100 smo-MIR1083 0.00004 -55.5 ....(((((..((((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((...((((((((.....(((((.........((....(((((......))))).......))..........)))))..))..)))))).))))).))))))))))).)))))))).)))))).))))..)))))... (-55.5)