mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGTGCCAAGCTGTGTGCATC TGCAGACTGCCTGGCACGATT ACTTCTTTGGATGCAGACTGCCTGGCACGATTCGTACTCTGGACGACTCGTGCCAAGCTGTGTGCATCTCAAGATC GGGGATCCTATGCTTATTCTTTCCTTTCCACCGAATAATCCTTCTGAATTTTTTGAGTAACTTCTTTGGATGCAGACTGCCTGGCACGATTCGTACTCTGGACGACTCGTGCCAAGCTGTGTGCATCTCAAGATCAGAAGAGGCTCTCGTTCTGCATTTCTCTGCTCAAAATTTTGGGTTTGTGCTGGCTAGAGAAGCTCCATGCTCAAAGTTTCAATAATTCTGGTAGAGATCCATTAAGAATATCTTGTGAAAAGTGAAATCACAGAATTGTGGGTTCCCTGGGTAATACTCAGAATTGCAGATTGAAATTGTGTACACAAGGAACACAGAGCCGACTTAAATTGCAAGCTGTGCCAATTTGAAGCAGCCTGGTGAACAACTCCCATATCTATTATTCAATTTTTCTCTCTGGAAAACTGTTGTACAGACTATGGGCATACGCTTTTCAGCAGGCATAGCGGGCAAATTTCCATACCTATTATTCAATAAGTTGTCTGAGCAATCATTATACAAATAACTGTTGTACAGACGATGGACATACGCTTTTCAGTAAGCAAAGCAGGCAAATTATAATAACTGTTGTACAGACGATGGGCATACGCTTTTCAGTAAGCAAAGCAGGCAAATTATAATAACTGTTGTACAGACGATGGGCATACGCTTTACAGTAAGCAGAGCAGGGAAATTTCAAAGTCAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Pinus_contorta mirnest 100 ppt-MIR536f 0.00001 -38.8 ...((((.(((((((.((.((.((((((((.((((.......)))).)))))))).)).)).))))))).)))).. (-38.8)