mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTATGTACTTTTCTAGATC TTGAGAAGTTACGTTGTTCA AATTCGGCACGAGGTATGTACTTTTCTAGATCAAATTCCTGCAATCATTATCAAATTTGTTCTCAATTCACTCTTCTATTTTGTTTAATTTGGAAGATATTAGAGAGCAGGAAGATTGAGAAGTTACGTTGTTCATGTATTTA AATTCGGCACGAGGTATGTACTTTTCTAGATCAAATTCCTGCAATCATTATCAAATTTGTTCTCAATTCACTCTTCTATTTTGTTTAATTTGGAAGATATTAGAGAGCAGGAAGATTGAGAAGTTACGTTGTTCATGTATTTATCTACCAGCTTGGGTACATCAGAAATCTTGAATCTTCCGAAGGGTGCAAGTTTGAGCTTTCGCCCATCATGAAGCTCCAACGGACTGAAACACATTTTCTTATCAAGCTCATCTAAACCCAATATCACTGTTTTTCCCCATACCGGGTGAGAGCATTGAAGTGCGCAGAGCATAAGTTCGACTCTTTTAACGCATTCGTAGCTTGAATCTACTCCCCCTTCAGTCATCTCTGTAATCACCTCTTGAATGGGTTTATCCAAATCGGATGGATTAAGAAACTCAGTGACCCCAAATCGTTTAGATATTTCTTCTTTTCGTGGGTCGATGTCAATTCCAAGGATTCTGGAAGCTCCAGCTATTCGAGCCCCTTCTGCAACAGCCAAGCCAATGGTGCCCAATCCAAAGATGGCTACCGAATCACCGGGCTTCACCTTCCCAGCGTTCCAGGCTGCTCCT 4 1 5' arm Pinus_pinaster mirnest 100 100 -30.3 ......(((.(((..(((((..(((((.((((...(((((((..................(((((((....(((((((..((....))..))))))).))).))))))))))))))).))))).)))))..))).)))..... (-30.3)