mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTACTCCTCCCATTCC TGTGGAAGGATAGGGTAAGACT GGTTGCGAGAAAGGGAGGTGGTATGGTTAGAAGTCTTGAGGTGTGGAAGGATAGGGTAAGACTAGGGTTAAGCAGAAACTCTGCTTCATTAATTCTCTGCTCCAGTCTTCCCTACTCCTCCCATTCCTTTTGCCTTCACCACACTTCCCTTTCCAACGCAACACA GGTTGCGAGAAAGGGAGGTGGTATGGTTAGAAGTCTTGAGGTGTGGAAGGATAGGGTAAGACTAGGGTTAAGCAGAAACTCTGCTTCATTAATTCTCTGCTCCAGTCTTCCCTACTCCTCCCATTCCTTTTGCCTTCACCACACTTCCCTTTCCAACGCAACACAGCAGTACAGTCTATGAAGATGAATATGGAGATTATGTCCTGTAGGTATTACAGGGATGCCGTGTAGCTTCAAGGCGACTGGATCTGGGAGGGCAGAAAAAACAAATGCAGTCGCTCCTGATTGCATCTTATCTGAGAGCTGGGCATTGTTACAGGTTTTTTAACTTCACCTGGATCCTATTGCCTTCTCTACACATCCCTTTTCTCTCTGCACTTGTAGCTCTGTTGCTGTTGCACTTCAGATCTGCTCGCATGGCACAGGTTTGCTGTTGGTTATTTATATGTTGAAGTTCGTTTTTTTTAGTCTTCTGTTTTTGCCAATTGTTTTTTCTGTGTTGCTTTTCGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 2 2 3' arm Pinus_pinaster mirnest 100 pta-MIR482b 6e-47 -67.5 .((((((.((((((((((((....(((..((((....((((.((((.(((((((((.((((((.((((.(((((((...)))))))............)))).))))))))))).)))).)))).))))....))))))).))))))))))))...))))))... (-67.5)