mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTAGTTTTTGCCTCCTGC AGGGGCCAAGGACGAGCTAGAG GCATACCATTCTGTTTCCCATGCTGATTCCTTTGGTAGTTTTTGCCTCCTGCCTGATTGCCTTACTACCAATCTAAGCAATATTGGATAGGTACTCAGCACCTGAAACAGGAGGCGGTATTCAGTTGACAAGAAGTGGTAATCTGGCTACCAGGCACCTACTTTTGTCAAGGTATGAATTGGAAATCTTGCCGGCCTGGAAGATAATTCTATAGTTTTTGTTGAAGTCAGCAGTTGAATCTGCGAGGTATTTCAAATAGGCACTGAGCACTCTGGTGGCTGAGCAGATCCGTTTTTAGTTCCCCTTCTTTATTTTCTCAGATCCGTAAGTGGGTGGTGATATGGGCCGCGGCCGAGGCAAAGGGAAGAAGCTAACAGCGGTTTCTAGTCATGAGGATCCGGGGAGCGGGGGTGAGGAATTCATTCCTGCTTACAGGAGAAGAGGCCGCCCTCAGAAAGGGGCCAAGGACGAGCTAGAGGATGAAGAGGTGGAGAAGATTGAAGAAG AATTCGGCACGAGGCATGTAAGGACAAGACTCAGGCGTGTCTGTCTGATAGCTTTCTTGCTTGGTTCCTGTTATATGTCTGAAAATCATTGAGCCTGTTTGAGTTTGGTAGCAGATCCAATCAAGCAAATACCCCACAAGCTTCTCATCATAATCCGATTGTGAGAAATCCATTTGTCTTGATTTTAATTGATCTCCCTAAAACCAATCTTGGTTTTTTGGGAAAAACCCAATCTGGGTCTCTGTTGTTTGATCTCATTCAGCATACCATTCTGTTTCCCATGCTGATTCCTTTGGTAGTTTTTGCCTCCTGCCTGATTGCCTTACTACCAATCTAAGCAATATTGGATAGGTACTCAGCACCTGAAACAGGAGGCGGTATTCAGTTGACAAGAAGTGGTAATCTGGCTACCAGGCACCTACTTTTGTCAAGGTATGAATTGGAAATCTTGCCGGCCTGGAAGATAATTCTATAGTTTTTGTTGAAGTCAGCAGTTGAATCTGCGAGGTATTTCAAATAGGCACTGAGCACTCTGGTGGCTGAGCAGATCCGTTTTTAGTTCCCCTTCTTTATTTTCTCAGATCCGTAAGTGGGTGGTGATATGGGCCGCGGCCGAGGCAAAGGGAAGAAGCTAACAGCGGTTTCTAGTCATGAGGATCCGGGGAGCGGGGGTGAGGAATTCATTCCTGCTTACAGGAGAAGAGGCCGCCCTCAGAAAGGGGCCAAGGACGAGCTAGAGGATGAAGAGGTGGAGAAGATTGAAGAAGAGGAGGATATAAAACCTGTGAATGTGAACAAGGATAGCAAGGTTCAGGTAGGGACTGAGAATGGAAAGAAGAGGAAGAGGCATGCCCAGATCACAGAGAGTTTGGATTTCGCTGCAGATAAAAATGGGGTTCCAGGCAGATCTGCCATTGATGAACCCACTAAGCCAAATGCCTTGATAANGAATGGAAGCAAGCGCAAGAGCAAACCTCGGCGAGCAGCGGAAGCTGG 4 1 5' arm Pinus_pinaster mirnest 100 100 -146.8 ........((((.((((((((.((...(((((((((.(((((((.(((((..((((.(((.....((((.((((((......)))))).))))....)))((((...)))).((((((.(((..(((((((.((((((...(((((...)))))...)))))))))))))..(((((.(((((((..(((((((((.((((.....)))).(((....((((..(((..((..(((((.((....))...)))))....))))).))))..)))..))))).))))..(((((.((((((.(((((((.((((..((...((((......)))))).)))).))(((........))).)))))....)))))).)))))))))))))))))....(((...((((((((((((.....))))))))))))...))))))...)))))).))))..))))).)))))))..)))))))))...))..)))).)))).....)))). (-146.8)