mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCC CGGGCTGGCATAACTCCGCCC CGCCTCTGCTTATTGGCTTGGTAGGAACAGGCGGGCTGGCATAACTCCGCCCATATTTTACTGTCAGAGATGGTCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCCCATTCCTACTGTGCTTTTTAAGTAATTT AGGTCCAGAAATGGAAGGGCTGTAGGGCGGTGGTTGTGAGAAATGAGATGGCAGTTGGGCCATGGCCGCCTCTGCTTATTGGCTTGGTAGGAACAGGCGGGCTGGCATAACTCCGCCCATATTTTACTGTCAGAGATGGTCAGAGTTTTGCCAGTTCCGCCCATTCCTACTGTGCTTTTTAAGTAATTTTAGAAATGGAGCAATTCGATATGCTCGGTGCCTTTAAGTAATTTCAAAAATGGACAAATAGGATGTGCTCTGTAGGAGCATACATCGATGCTCGGTAACCGCTCTGCTATTTTTATGTACTGAAATTTTCTTCTTTACTTTATACATTTTGGAGGAGCGGTTAATTTTGCAGGCAATAGTTGTAGAGTAAAGTGCTAATTTGCAGATATTGGTGTTTTCTTAATCCTTCTGCCTTGGAAAGATGATTTTTCTTTGTAATTATTTTAATGTTTAGTTACTTTCTTTACCGATTTCAACAGTATCCGAGCATAGATCGGTAGATTTAATTTGTTTTGTAGATGCCTTGCTTTATACAACTTCATCCCTTTAATTTGTTTGGCTTATTTGGGATTTTCTCCAGTTAACTCCTGCCTTCAGAACCAAAAATGTTCACTGGATGTAGTTTATTTAAATGTTGAAGGGAAGTTACCCTTAGAAAATCAGAAGCTTAATTTTTTGGTCAGCAGTTGTCTAGGAATTTGGTATT 4 1 3' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR1311 2e-43 -49 ......((((((..(((.(((((((((..((((((((((((.(((((...((((.(((.......))).))))...))))).)))))).))))))..))))))))).)))...)))))).... (-49)