mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTGTTCCCAGGTCGCCCCGG GGGGTGACCTTGGAACACATT ATGAAAGAGAGTAGGCTCGACTGGGGTGACCTTGGAACACATTCACATTCACAGGACTCATGGAGAAATCAAGAGATTACATTAATGTNNACGTGTTCCCAGGTCGCCCCGGTGGAAACCTCCTCTGCTAC CGCATATCGGGCTCATATGAATAAATGAAAGAGAGTAGGCTCGACTGGGGTGACCTTGGAACACATTCACATTCACAGGACTCATGGAGAAATCAAGAGATTACATTAATGTNNACGTGTTCCCAGGTCGCCCCGGTGGAAACCTCCTCTGCTACTGCTGCTGTTAATGGTGTCCTCTGCTTCAGCACACTTCTTATTTCACCCAATATACTCAAAGGGGAGCAAATGTGGTTTATGANNAACAACTATGGGTATTTTTATATATCTTGGNNTATGATTGTCGGATTCCAATTTATCCTCAGAATCTGCAATCAAGATTAATNCNGCAAGNAATCACATATTCTGAGTAATGTTTTGTTTGGCGCTATTATATGTTATGTNNAATGTGCATTTAATGGCGACCTNGNNNNTC 2 0 3' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR398 1e-62 -47.6 .......((((.(((.((.(((((((((((((.(((((((....(((((.....(((((...((....))..))).)).....)))))....))))))).))))))))))))).))..))).))))..... (-47.6)