mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTGTTCCCAGGTCGCCCCGG GGGGTGACCTTGGCACACATT ATGAAACAGAGTAGGCCCGACTGGGGTGACCTTGGCACACATTCACATTCACAGGACTCATGGAGAAATCAAGAGAATTCTTTAATGTGGACGTGTTCCCAGGTCGCCCCGGTGGAAACCTGCTCTGCTACTGCTGCTGTT ATGAAACAGAGTAGGCCCGACTGGGGTGACCTTGGCACACATTCACATTCACAGGACTCATGGAGAAATCAAGAGAATTCTTTAATGTGGACGTGTTCCCAGGTCGCCCCGGTGGAAACCTGCTCTGCTACTGCTGCTGTTAATGGTGTCCTCTGCTTCAGCACACTTCTTATTTCAGCCAATATACTCAAAGGGGAGCAAATGTGGTTTATGATCCACAGCTACGGATATTTTTATATATCTTGAAATCTAAGATTCCAATATGTTCCCAGAATCTGCAATCAAGATTAATTCAGCAAGAAATCACACATATTCTAGTAATGTTTTGTTTGGAACTATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCGTGCCGAATTCGGCACGAGGGAAACTAGCAGTCAGTTTGATGATCCAGGTCATCCACCACAAAGTGTTGACGAGATTATGCGTATCATTGCTGAGGCCAGAATACCTGCCCCAGGGTTTGGTGGGATAGGTAATTATTTTGGAGGAAGCCTGGATTTTGATGACATGGACCTAGAGAATGATGATGCAAACCTTGATATTGAGAGCAGCGGGGAGTTCGTAATTGCTATGTAACTGTATTCTTATTGGAATTTCTTTGAATTTGCAACTGGGTCTCTAGTCTGCAGATTGCTTTTCTTAGTTTATATCTTCTAAGCCAGACCGAAACTTCCTTTCGGAAGGCTTGGCAGCACGAACTGCAGTTCATTGCAAGCTGGTTAGTGCTATAGAAGTGTAGTTATAAAACAGGTTAACGGTATGTAAGTAATG 3 0 3' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR398 3e-48 -58.1 ......(((((((((.((.(((((((((((((.((.((((.((((((((...(((((((...((....))..)))...)))).)))))))).)))).)).)))))))))))))))...))))))))).............. (-58.1)