mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACTGAAATTATTGTTGG AACAATAATTTCAGTGGTAGA TCCCCATGAGTCTTCCAGATCGATGGAAGTCTTCCACTGAAATTATTGTTGGATAAATACACCCATGCAACTTGGTTATTGCCCAGTAGATCCCCCACCATGCCATGTGTTGCAACCCTGCAACTAGGTTAGACTGGGGATACACTGTAGGATACCATACCACGGCAGTATACATCCATGAATTGCAGGTGTTATTTCGAACAATAATTTCAGTGGTAGAATACCATCCGGAAGAGGAGCAACCAAAA TCATCAATGATAAATGTTTCTATGTAAAAGAATTCTAAAAGAGCTAAATTACAGACGCAGGGTTTTTGGAACTCTAAAAAATGAAGGTGCAAATATTGTTAAATCGACTGGTACGAATTCCTCAACCTGCAAAGAACACAACAATGATAAGAAACTCAAATTGCAAAAATAAATGAGATGTAATTATCAAATGCCAAAGAAGAGGGAAATGGAACAAATCAAAGGTCGGATTCCCTCGAAGAAAAACGCTGCAACCCCATTTGCAAATCGTAAGGCCTCCGGACATTTCAATGGGCAAATAACCAAACCCTTCTTTTTCCAGCTCATAATTCAGAAAATACTCAACTTTTTCCATTTTAATACACAAAATCAAGACATATAAAAGATGAACATGACATAGCCATAACCTGCTGATTCGAAATCCCCATGAGTCTTCCAGATCGATGGAAGTCTTCCACTGAAATTATTGTTGGATAAATACACCCATGCAACTTGGTTATTGCCCAGTAGATCCCCCACCATGCCATGTGTTGCAACCCTGCAACTAGGTTAGACTGGGGATACACTGTAGGATACCATACCACGGCAGTATACATCCATGAATTGCAGGTGTTATTTCGAACAATAATTTCAGTGGTAGAATACCATCCGGAAGAGGAGCAACCAAAAAGGAAAGACATTATTACATAGAAACATCAAGCAACCATGTATTTCTTATACAAGTTCAGTGTCCTTCAAACCAAGTCCAGTGTCCTTCGATAACTGCCAATAAAATACAAACTAGCTTTGTGATGCGTGGGAACAAAAATCGAGCCCATGGGTGCAGACGGTGCAGGAAGAAAATCCCAAAGATGGAGATGATGTGAGCGATATGAAGGTAAGAA 2 0 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR1313 1e-116 -80.1 ..........((((((.....(((((...(((.(((((((((((((((((.((.....(((((..(((((..(((.(((((((((((..((((((......(((....((((((....))))))..)))......))))))..))))..((........))..))))))).....)))....))))))))))....)).))))))))))))))))).)))...))))).))))))((.....)).... (-80.1)