mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCCGGGAATCCAATGCGCC TGTATTGATTTCCGGGGAAG GAAGGAGAGCCTCTCCGGGAATCCAATGCGCCTTCCTCTTGAACGCCTTTCAACGCGCGTGCTGTGCGTGAAAACGCGTTTAGGAGGAAGGTGTATTGATTTCCGGGGAAGCCCTGGTT CCAACCCTGCGAGGTTGGGTATTCCAAATATGGATGGCAGACTCCTACTTCATTTCCAGGTGCATCTTCGCAGTGACGCGTGAAGGAGAGCCTCTCCGGGAATCCAATGCGCCTTCCTCTTGAACGCCTTTCAACGCGCGTGCTGTGCGTGAAAACGCGTTTAGGAGGAAGGTGTATTGATTTCCGGGGAAGCCCTGGTTCTCCGTGCTCTTATTGATTCGATGGATCGATGGTTTGCATTTTAGTTTCAGCCAGAGAAAGCAAGTGGCCGTTTTGCCCCAGATTCAGGAGGAGGAGACTCACATGCGTTTCCGCCGCCTTTTCTTGAGAAATGGAAGATGTCAACCGAAATCTGCTATATTCTACTGCAGAGATTGGACGCTGAGAAGAAATATATTCATCTCAAAGTCTTGGTTGGCCNACTACNGTAAAACTCTCTCCAGAAGCCGATCTGTGGCAGATCTGTTTTCTGTTTAATAATACACATGATATCTTCCNTGGGAGATCTCTTCCTTTTANATCCAAATTGGTTTTTCCTGAAGGATTCAGAACTAANTTTACCCTTTGTTTCCCCGAACGGNAGTTTTAATTTTTNNCNNNCTCGGTNTTAAAANANTNNTTTTTNNNTTTANNNA 0 1 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR949 7e-58 -65.6 ..(((...((.((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((..((((((.....))))))..))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).))))).... (-65.6)