mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACAGAGCATGCCGTTGGTT CCAATGACACGCTCAGTTCA GCTATCTAAGGAGAGAACCAGTAGCGTATTGAACAGAGCATGCCGTTGGTTGAGTAAGTACGTCAAGGGACGAAACAGAATTAATTTTCATTAACATTTTATTAACCTTCAACTCTGCCTTGGCCTAGGGCAGTTCCTGAAGGTCACATTGACTGGGGCGTGATACAACGCGTAGTCCGCTGGTTGCTGCGACCATTGGGACTCCCCCAGCCTATTCTCATCTGCAACATTCGCAAGTTATTTACAGTGTTGCAGCCGAGAATAAAATGGGAAGAGTCAAAAGCGTGGCAACAACCAGCCAATTACGCTTTGTATCAGCGCCCCAACTGGTGTGAGCTTCGGGAATTGCCATATGCCAAGCCAGATTTGCATGCTAATAAAACATTATTCGAAATTAATTGCGTTTTGTTGGTTGACAGACTTCCTCCACCAATGACACGCTCAGTTCAATTTGCTGATGGTTCGCTATCTCCTTCT GCTTCCTTTGTGGAAAAAAATGTGACGAAGGGTATTAAACAGAGGACGGGGAGAAAGAGATTAGCAGAGCCAGCTATCTAAGGAGAGAACCAGTAGCGTATTGAACAGAGCATGCCGTTGGTTGAGTAAGTACGTCAAGGGACGAAACAGAATTAATTTTCATTAACATTTTATTAACCTTCAACTCTGCCTTGGCCTAGGGCAGTTCCTGAAGGTCACATTGACTGGGGCGTGATACAACGCGTAGTCCGCTGGTTGCTGCGACCATTGGGACTCCCCCAGCCTATTCTCATCTGCAACATTCGCAAGTTATTTACAGTGTTGCAGCCGAGAATAAAATGGGAAGAGTCAAAAGCGTGGCAACAACCAGCCAATTACGCTTTGTATCAGCGCCCCAACTGGTGTGAGCTTCGGGAATTGCCATATGCCAAGCCAGATTTGCATGCTAATAAAACATTATTCGAAATTAATTGCGTTTTGTTGGTTGACAGACTTCCTCCACCAATGACACGCTCAGTTCAATTTGCTGATGGTTCGCTATCTCCTTCTTGGATAGCCCATACTGCAAATCTCTTCTTTGGGTAGATTACACCGCANATTTGTTTCTTATTTTTGTTTGTGTGGTTTTCTAGGTTTTAGGAGCAATCACTACATTCTGTCTGGGTCACACTAGTTTTAACTGATTGATTGGATTTGTTTAGTATGTCTCATCTCTTAGTATAAGACACAATCACTCATTAAAATTTATCTGAGTGGTTTTTAAATTTATCTGAG 4 0 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR952a 0 -201.3 .......(((((((((((((.(((((.(((((((.((((.((.(((((((.(((.((((..(((((..((((((((..((((((((((...(((..((((((((.....(((.((((.((((((.((.((((((((((((((.((((((((..(((((((((((((((.(((((((..((((((((.(((.((..((..(((((.((((...(((((((..((((((((((..............))))))))))..)))))))...))))..)))))..))..)).))).))))))))..))))))).)))))))).)))))))..)))))))).)))))))))))))).)).)))))).)))).))).....))))))))..)))...))))))))))..))))))))..)))))..)))).))).))))))).)).)))).))))))).))))).))))))....))))))).. (-201.3)