mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC ACTGCAGCCTGGCACGAGA TCGGATCAACGAGCAGAAGACATGGCAGAGTTGGGGTGAGGGGACTGCAGCCTGGCACGAGACCTGAAAACTTTTCTGACAAGCAGCCGGGCGGGCAGAGTCACGCATGGTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCACAACACTCTTCCAATTTCTAACGTTGATGCCAAAA CATTAAAACCAGATCTGGAGGCCTGAGCAGCTCGTTCTCCGAGCTCTCAGAGATCGATGCAGTGCGTATCTTGCAGCTTTTTGTTTTTTATATGAAAAACTGGCCATGAACTGTAAGAGGTGAGGTTTTCCATTAAGGGAGCTCATATAGAAAATGCCCTCGTGACTCTGGTCATCCATGTGCAGCTCTTGATTCAAGGCATTAATTTCGGATAATAGGTTGTAAAAATTACCTGGATTTTTGACGGTTTATTTCCTTTGAAGAAAGGGGTAGATGCAGTGTACACAGCTCGCAAATAGAGGAGCTGATTCGATCGGATCAACGAGCAGAAGACATGGCAGAGTTGGGGTGAGGGGACTGCAGCCTGGCACGAGACCTGAAAACTTTTCTGACAAGCAGCCGGGCGGGCAGAGTCACGCATGGTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCACAACACTCTTCCAATTTCTAACGTTGATGCCAAAATACCGAATGGACTGGGATTCATTGATTCCTCGGAGACCCGCTCTTTCAAGGCTCTCAGGCGCATCATTGGGTGAGATATTGAACAATCCTTACTCTCATGATTTCCATTATATTACAACGTTTTCATTGCACTTATTATTGGATTTTTGTATGC 4 0 3' arm Pinus_taeda mirnest mir-166 0.000003 pta-MIR166b 1e-66 -68.2 ..(((((((((...(((((...(((.(((((.(..(((((((((.((.(((((((..(((.(((.........(((((....((......))...)))))........))).)))..))))))).)).)))))))))..)))))).))).)))))..))))))).)).... (-68.2)