mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGCTCGACT TCGGACCAGGCTTCATTCCCC AAGACCTCCATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGCTCCAATGTTCGGATGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCGGAGATCTTCCCG TTTTGGGGACGAGAAATCGGATTATTAATGAAGGAGGAAGACCTCCATGTTGATTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGACTTCATCCGGATTTGGGCTCCAATGTTCGGATGCCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATCGGAGATCTTCCCGGTTGAAGAGATTGTGTTTTCTCTTGCAATTTTATTCCCACCTCCTACTTTATTCTGAACCATATTTATTCATGGGTCGGTTGGGTTCTGATCTGACTGTGGGAGAGTTTACCACAAGTAGCCCAGGTTTGCTTCTCAGCTCATTCCCATATGGGTGAGTCTGAGTCTTCTATGGGTGAGCCTGAGTCTTCCAGGTTTGATCCTCAGCGCATTTCAATCTATTCATGTATGGCCTCAATCTGAAAATCCCCGCAGCCACACTTCCCAGAACTTTCGATCTGCACCTGGTATATGACCTTGTTGCACT 4 0 5' arm Pinus_taeda mirnest mir-166 1.0E-7 pta-MIR166a 2.0E-48 -52.6 ((((.((((.....(((((.((((((((..((((((.(((((..(((((((((((((...)))).)))))))))..))))).))))))..)))))))).))))))))).)))).... (-52.6)