mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCATACACAAACCATTGGAA CCAATGGTTTGTGCAAGGAAG AAGGTGTAAAAGAAAAGATCTTCCATACACAAACCATTGGAATCCTTCTTATTCTGCAATTGGATTGGGAAGAAGATGCATTGAAGAATGAATTTTCGTTAGCCCCAAAAGTAAGATCCTGACTAACTACTGGTACTCGATGATTGTTTGTCTGGAGTCTTTGTTGTCTTGTTCGTACCATGACCCTCAACTTTTTCTCATTTGGTCCAGTTTCTATTCATGAATACTTAGTCTTTGTTCGCTTCTTCGTACCATGACCCTGAACTTTTTCTCATTTGGTCCGGTTTCCACTCATAAATAATTAGTGTTTGTTATTAAGATCATGGTTCGTTAGTTTTGCAGAGTTGTTGTTTGCTTCTTCGTACCATGACTCTCATCTTTTTCTCATTTGGTCCAGTCCCCACTGATAAGTGGCTAGTATTTCTTTTAAGATCATGGTTGATTGGTAATGTGAGGAAAACAGGTTCCAATGGTTTGTGCAAGGAAGATCTTTTTGCTAGCAAAT CGGCCGGGGGTTAGTATGAAGAGTTTCCTCATGTTTGTTGAATTAACTCTGTGGCTGTGGTTGGAAACAATTTGCCCGCAATGGCCACACAAGACTTTCCATGGGAGGAGCAGTACACGTCCTCCTGAAGTGGCAGATCCAGAATAAGAACAAATTGGGCAATGAAGGTGTAAAAGAAAAGATCTTCCATACACAAACCATTGGAATCCTTCTTATTCTGCAATTGGATTGGGAAGAAGATGCATTGAAGAATGAATTTTCGTTAGCCCCAAAAGTAAGATCCTGACTAACTACTGGTACTCGATGATTGTTTGTCTGGAGTCTTTGTTGTCTTGTTCGTACCATGACCCTCAACTTTTTCTCATTTGGTCCAGTTTCTATTCATGAATACTTAGTCTTTGTTCGCTTCTTCGTACCATGACCCTGAACTTTTTCTCATTTGGTCCGGTTTCCACTCATAAATAATTAGTGTTTGTTATTAAGATCATGGTTCGTTAGTTTTGCAGAGTTGTTGTTTGCTTCTTCGTACCATGACTCTCATCTTTTTCTCATTTGGTCCAGTCCCCACTGATAAGTGGCTAGTATTTCTTTTAAGATCATGGTTGATTGGTAATGTGAGGAAAACAGGTTCCAATGGTTTGTGCAAGGAAGATCTTTTTGCTAGCAAATCTAATCTACCTTCAAAGATGCAACAACGTGGTTGTGGACGCAGATGATTCACAATGAAAGCTCTCTTTTCGACTCTATTGTCGATGATTGATGGAATAATCCAACAGAGGCACCTTGTTAACAAATTTTGTGATGGAATCATCGAACAGAGGCACTTTGTTAACGAATTTTGTGTATATACTTTTTGGGGTTGGGTTTTACTTTTTGATAAGTGTATTTTTGCAG 3 0 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR1316 9e-33 -120.4 ....(((....(((((((((((((...((((((((((((((((((((((((.(((......))).))))))).(((((...((((((((((....)))).(((....((((((((.((.(((.((...(((((.(((.(((((......((..((.(((..((.((.........)).)).)))))...))......))))).))))))))...)).))).))...))))..))))....))))))))).(((..((((.(((........)))...)))).))).((.....(((((((.....)))))))......))(((((((.((..((....(((((.......)))))..)).)).)))))))....)))))(((((((((.....((((((.(((((....)))))(((.....(((....)))...)))..))))))....)))))))))...)))))))))))))))))...)))))))))))))....)))... (-120.4)