mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGCCTTGAATGTTAGGAGAA CTTCAACATTAGAGGCCAATA TCATAAGGTTAAGTGCCAATTCCAATTCCAATTGATAACATGTTAGTTAGCTGAAGAGATTCTTCAACATTAGAGGCCAATATAGAATAATATTCTTATTCTTAATCGGCCTTGAATGTTAGGAGAACGTTTTCCTCTACCTAAGCATGCTATCTCAAAGGAGTTTAAGGAGTGGTTGGCTGCGT CGGCCGGGCTATCTCAACGGAATTTTGAGGAGTTTTAAGGATGGCTGGCTGCGTGGAACCCTCTGCAATATTTGATACTCAAATGGAATTTTACTCTTTGCTTTGGAAGTTGAAGAAATTGTTCATAAGGTTAAGTGCCAATTCCAATTCCAATTGATAACATGTTAGTTAGCTGAAGAGATTCTTCAACATTAGAGGCCAATATAGAATAATATTCTTATTCTTAATCGGCCTTGAATGTTAGGAGAACGTTTTCCTCTACCTAAGCATGCTATCTCAAAGGAGTTTAAGGAGTGGTTGGCTGCGTGGAACCCTCTGCAATATTTGATACTCAAATGGAATTTTACTCTTTGCTTTGGAAGTTG 2 1 3' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR1314 3e-86 -52.2 .......((.....(((((((((((((((....((((.((((((((.(((..(((((..((((((((((((.((((((.((..(((((((.....)))))))..)).)))))).)))))).))))))..)))))..))).)))).)))).)))).....))))))...)))...)))))).)).. (-52.2)