mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTACTCCTCCCATTCC TGTGGAAGGATAGGGTAAGACT GGTTGCGAGAAAGGGAGGTGATATGGTTAGAAGTCTTGAGGTGTGGAAGGATAGGGTAAGACTAAGGTTAAGGAGAAACTCTGCTTCATTAATTCTCTGCTCCAGTCTTCCCTACTCCTCCCATTCCTTTTGCCTTCACCACACTTCCCTTTCCAACGCAGCACA ACTTTGCATTTGACCGGCAGTGGACTTATATAACCCTGCCCTACTCTGCAACGGGGTTACAGACCTGCACAGGATTTTCAAGCGAAAAGACAAATGCATATCCAAAGGCAGTGGTTTGAACACCCCTAGCATCCTTCCCACCCCACCATCCTTCCATTTTGAACACCAACAACATCCCTTCCCGTTCCGCTACCATATCTAGCAGCAAAGCCAGTAGTCGTGGTACGCGGGGAGGGAAGGCGGATGGTTGCGAGAAAGGGAGGTGATATGGTTAGAAGTCTTGAGGTGTGGAAGGATAGGGTAAGACTAAGGTTAAGGAGAAACTCTGCTTCATTAATTCTCTGCTCCAGTCTTCCCTACTCCTCCCATTCCTTTTGCCTTCACCACACTTCCCTTTCCAACGCAGCACAGCAATATAGTCTATGAAGATGAATATGGAGATTGTGTCCTGCAGGTATTACAGGGATGCCGTGTAGCTTCAAGGCCACAGGATCTGGGAGGGGAGAAAAAACAAATGCAGTCGCTCCTGATTGCATCTTATCTGAGAGCTGGGCATTGTTACAGATTTTTTTAACTTCACCTGGATCCTATTGCCTTCTCTACATATCCCTATTTTCTCTGCACTTGTAGCTCTGTTGCTGATGCACTTCAGATCTGCTTGCATGACACAGGGCTGGTTGTTTCAGTCATACGATTCTTTGAACCTCCATGATAGGCAAGGAGGTATGCAGATCTATCCCGCCCTGGCAGAAAGGATTCTCCTGGTAGGCTGGGTGGTTCCAATTTCATTGTATCAATTTTCCTGTGACTAGTGCAAATAGTCGTGTAGAGATGCGCCTTTAGTTGCTAATAAAAAATGTCTTTTGGGTTTAACAAAAAAAAAAA 2 2 3' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR482a 6e-47 -63.6 .((((((.((((((((((((...((((..((((....((((.((((.(((((((((.((((((..((....((((((...............))))))...))))))))))))).)))).)))).))))....))))))))))))))))))))...))))))... (-63.6)