mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCC AGCTCCCTTCAATCCAAGA AGTGGAGCTCCCTTCAATCCAAGAAATGCGTGTTTAGTGACAGTACATCTCCTGCGTCATGCACACCACTATCCTGTCATGCAGGTCGATTGATTGATTTGTTCAGGCTGCTGGAGAGTCACGGACAGGGAAGTAGAATGCATGAATCAGCAGCTGAACCACCGCTGCACAAGCTTTGGTTGGACTGAAGGGAGCTCCAA AATCACAATTCTATTTCTGTAATAGAATAAAACTTTGCAAAAAAAAATCAATAAGATGGATCAAACCATTTCATATCACTGAAGCATTAATTATTGGTATCGTATTTTATTTGTAACAAATGAAACTTTTTCAATCACTCTGGCCAGTTCATACATAACCTGGTTACAATCAACTATAGATCAATCGTTCAGCGACAGATCGGAATTAAAATGAAATAACAATATAATTCATAACCATGTAAAAGCGACCGGCCAAACTCTTGCACAGAACGAAACGTACCACAATCAGCCACTCAACAAATAATCATTAGATTTGCCATTCTTTTCGATCGAACTCTAACTAGATCATAGTGAACAACCAGAATATACAAAACCTGAAACTATAGCGATGCAGATCAATCAAGTTAAACCTAAGTCTTATTTGACTCGAACAAAGATTCAGCTATAATAAAAATTGGAACACTGACATGCAGGGCTTAGGGCACATAACAGTTGTTAGCAAGCCCAAAACAAATAGAGAAGAGAAAATTGTTAGAGATGAAATAGGTTAAAAACAAAACAAATTCCATAAACAAGTTGCAGAAAGAGATGATGAGGATAAGTGGAGCTCCCTTCAATCCAAGAAATGCGTGTTTAGTGACAGTACATCTCCTGCGTCATGCACACCACTATCCTGTCATGCAGGTCGATTGATTGATTTGTTCAGGCTGCTGGAGAGTCACGGACAGGGAAGTAGAATGCATGAATCAGCAGCTGAACCACCGCTGCACAAGCTTTGGTTGGACTGAAGGGAGCTCCAACA 1 0 3' arm Pinus_taeda mirnest MIR159 1.0E-5 pta-MIR319 2.0E-111 -76.8 ..((((((((((((((.(((((..((.((.(((.(((((...((...((..((((.(((((((....(((.(((((((..(((((((((....)))))))))...((((.......))))...))))))).)))....)))))))....))))..))))...))))).))).)).))..))))).)))))))))))))). (-76.8)