mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCC GAGCTGATTTTGTCCAGGA GGGTTGATGTGTGAATGATGCGGGAGCTGATTTTGTCCAGGAAATGTCTTTTCCTTGGATTGAAGGGAGCTCCCTTATGTAGCATACATTTTTC ATTCACAAACTCACTTTTTACCCACAAACGAAACAAATGGGTTGATGTGTGAATGATGCGGGAGCTGATTTTGTCCAGGAAATGTCTTTTCCTTGGATTGAAGGGAGCTCCCTTATGTAGCATACATTTTTCTGAAATTAGGTTTTGCTGTTTCCTTTTGTTTAGCCGGGTTAACATTATGTTTTTTTATATGATACTTTTCACATTTCAGCTTAACAGATTCTGCTTATGTTCAATCTCTCATGTGTTTGGATCATTCCTACTGACTCTATATTGAAATTAGTAAATTGTTTTTCTCTTAGAATTCATGACATTGAAAATTTTCCATTGTACTTTCCTAACTATGAAGTGTGATTTATTTGTCCAGATCGTTCGAAACTCCCGGCTACTGGTTCATTTACCTACAAGTATCTAACTCTTATATAGCATTGTACATGGCGGACCCTGCTGTTGTACTTTTATTATATACACTGATAGCTATTCATGGCGGGCAATAAGCACAGAGTAGTTACAGAATATTAATGCAATACGCGGTTGGAGAGTTGCGTAGGCGTTTGGTTGTGTACATATACCATTAGTTAGATTCCTGTTCATATACATCTGACAGCGTAGATATAACGTCAAATTGATGTATATATACATTTCATGATCGATCTATCTATATTGTGAAATACATATATGAACATCCATCATGAATAGCGTGATTAACAGGCTTTTATCCTGTCAATTTTGTATAATATTTGATTGTATATTTAATTTCGACAATAGTGAATAGTGAATTGTTG 3 2 3' arm Pinus_taeda mirnest MIR159 0.00008 pta-MIR159c 4e-43 -32 .((..((((((((....(((.(((((((..(((.((((((((((.....))))).))))).)))...))))))).)))....))))))))..)) (-32)