mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTT GTTCAAGAAAACTGTGGGAAA TTGTCATACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTTACGTGTACGGGACGAGGAGATTCTGATTTCTACGTCTGCGATTAAAGTTCAAGAAAACTGTGGGAAAGCATGGTA GTGCAAAAGGGGTGTGGAAAAATCTGGATTCCAGATGTTCTGATGGTGGTCGATAAGAGGAAGAGACTTTTGTTTAATTTTTCCTTCTCTCCGTTTATATATATATATATATATAGGTTGAGAGAGTGCAGGCTCCCAAGGAAGGAAGAAGCGAAGCAGGGTTTGGTGACTTGTTCTTTCTTCTGCTTCTTTTGGGTTTTTTGTGCAGAAAGATCCGATAACTTTGCATGCCACAAGATCGCGCGTGGGAGTTATTTCTCTGATGGGTTTCGATCTCATGACGAATCTTGTCATACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTTACGTGTACGGGACGAGGAGATTCTGATTTCTACGTCTGCGATTAAAGTTCAAGAAAACTGTGGGAAAGCATGGTAGGATTCTGCAATACTTATCATGGCCGCGCCTGGGGTTTGCGGGAGACTTGGATCTTTGATACCGGGTGCAGATTTGCTTTAATTTTATATCAAGGTAAGCGTTTAGTGAGTTTTCTTGATTTTCTTTAACGGATTTCCTTAAGCTTGAGAAATTGTCTATTTTTCTAACCCTGACTGAAACATCACGATGACCCTGCTATAATCTTGCCCTGTTTAAGCCCGGGCAGGACTCCTTCTCTTGGCTAGATTTTGCTGTATGCCGCGTAATGGACGATCTTGCTATGATTATTAGGGTTTCGAGAAGTTTTCTGAGATTCTGATCTGTCGATTTTTGTCTAGTCTATTATTAGGGTTTTTCATTAGATTTGTAGGTAGTTAGTACTATCGTCATCCATCCAGGCTTAGGCGGTTAAGTGACCACGTTCTTTGAAGTGTTGTCATCTTGCATTTATGAATGCAGTAGTGCTCAGCTTAGCTATGTATTCGCTAAACGAAGTCAGTGTCATAGGTTGGTTCTACAGTCTGCGCTGCTGATATATTTTAATGTTCCGGCAGGAAAAAAAAGCGTTCTTTCATAACTGCCAATATCAGATAAATATCATACATGTTTCTATTAAGCTTTGGGCTTTTTTATTTATTTAGCTTTTTCCCGCCTTCTGTT 1 0 5' arm Pinus_taeda mirnest MIR396 2e-52 pta-MIR396 1e-56 -46.2 ...((((.(((((((((((.((((((((((((((..(((...(((((.((((((....)))))).))))))))..)))))))))))))).))))))))))).)))).. (-46.2)