mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGGTCCTCGGTGGTTTAT AAACCATCGTGGAGCCGATG AGGGGAAGAGGTTTGGAAGGTGATCTTTACATCAGGTCCTCGGTGGTTTATTGCTCATCGTTTGTTTATAATAAACCATCGTGGAGCCGATGAAAAGAGCACCTCCGCCTTCGTTTACAT AGCGATGGGGTGCAGGGGAAGAGGTTTGGAAGGTGATCTTTACATCAGGTCCTCGGTGGTTTATTGCTCATCGTTTGTTTATAATAAACCATCGTGGAGCCGATGAAAAGAGCACCTCCGCCTTCGTTTACATGGATTACAAGTTTTGTTGGAGAAGCTGGAAGTCTATCTCGATTTGGTGTTTATCCTACCACATAGGGGAAGAGGTTTGGAAGGTGATCTTTACATCAGGTCCTCGGTGGTTTATTGCTCATCGTTTGTTTACGATAAACCATCGTGGAGCAGATGAAAAGAGCACCTCCGCCTTCGTTTACATGGATTACGAGTTTTGTTGGAGAAGCTGGAAGTCTATCTCGATTTGGTGTTTCCCCTACCACATATGCCTAAACAAGGTCTTCACACTCTACTCGAACATGTTTACTGCTGTTTTTTTAATTTGTTCCTCCGATTTAGTATTGGACGCTACCTCTTGCTCTTGAGCAGGAAGAGGAAGATGAACCGAACGCGTTATTGTCGTCTGGGCCACGATGTTTTATGATGTTCAAAACGGCTACGGCCAAACACCACGAATATCATGGTCATTCCCCTTTTGGTGCATGGATTTGGGAAAACTTGACTGCCAAATGGTAAAAGCCATTAGATCAGTTCGCGTGGCCATGTCGGTATTTTGTCTCTAACTTTAAGTTTAATAGATAAAAAGATATAAAACAGGCTCGGTCCATGTGGGTGTTTTATAACTTTATGTTCAATAGACAGCCAGATGGAAAACCATCTGACCATGTGGGTGTTTTGTCTATAACTCTATGCTCAATAGATAGATATGGGACAGCCTTGTAAAAAAGAA 1 2 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR950a 4e-47 -40.9 ..(((..((((..((((.((((.(((((.((((.(((((.(((((((((((((..((.....))....))))))))))))).))).)))))).))))).)))))))).)))).))).... (-40.9)