mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGGCTGTGTGGGATCCGG GGATCCTACAAACCCTGTTT TGGTTAATAGAAGTCATGAAATCAGGCTGTGTGGGATCCGGTAACGCCACAGAGTAAGATAGCAGCGTCAAAGTGACTGTAGGCATTGGTGGATAAAGTGAAGCGGTATTGATGAGGCCTCACATTGTCCACCGATGCCTACAGCCACTTTGACGTTCTCATCTGATTTTATGACGGCCTCACTTCCTCCGCCAATGCCTGAGGCGGTGTCATCTGTTTTTGCGGCATTACCGGATCCTACAAACCCTGTTTTCATGGGTTAAAATTAGG ACGCGGGGGAACCGTAATTGCTTGAAGAATACCGAGCCTGTAGCAGTAACATAGGCGATAAATGAAGGCGGTGGAGGAGAGAGAGACAACCAGACCCAGATCCGTTTTGGTTAATAGAAGTCATGAAATCAGGCTGTGTGGGATCCGGTAACGCCACAGAGTAAGATAGCAGCGTCAAAGTGACTGTAGGCATTGGTGGATAAAGTGAAGCGGTATTGATGAGGCCTCACATTGTCCACCGATGCCTACAGCCACTTTGACGTTCTCATCTGATTTTATGACGGCCTCACTTCCTCCGCCAATGCCTGAGGCGGTGTCATCTGTTTTTGCGGCATTACCGGATCCTACAAACCCTGTTTTCATGGGTTAAAATTAGGCCTTCAACCTCCAAGGCAGCAGGACAGAACTCTGTAGATGAACACAGCTGGGATTTTTGAAAGACGCAGGCTTCCTTCCTGAAATCGAATTCTTCTGCTGCTACAATATTACTTCTTTTGCATATAATCTCGCACCTGGTTTTGGCAAAATACTTTGATGAGAACCATATTTTTGATCCAGTAGTCTTTGGATGCTTAGAACCATATTTTTGTTCCAGTATAATCTTTGGATTTTTAGTTTG 4 0 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR948 1e-141 -117.4 ...(((((..((.((((((((.((((...(((((((((((((((.(((.(((((..((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((.((..((....))..)).)))).)))))))))))))))))))).)))))))))))..((((........))))..((((((.................))))))..))).))))..))))).))).)))))))))))))))...)))).)))))))).))...))))). (-117.4)